DNA甲基化差异

云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术，技术原理如下： 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有乙酰化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀（IP）样本和对照样本（Input）中的序列片段，将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。m6A甲基化是番茄果实mRNA中普遍存在的修饰。DNA甲基化差异

云序优势 一站式服务： 客户只需提供细胞、组织或RNA，云序生物为您完成从MeRIP富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。 优化的实验流程： MeRIP的富集效率是决定数据质量的关键，云序生物MeRIP实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程，具有极高的效率和特异性。 严格的质控： 云序生物对MeRIP实验的各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优zhi的数据。 专业的生物信息学分析： 云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。 特异性高： 通过抗体特异性富集发生甲基化修饰的RNA的片段，以较低的成本实现转录组范围的RNA甲基化研究。辽宁850KDNA甲基化RNA甲基化组揭示了m6A介导的DNA去甲基化酶基因SlDML2在番茄果实成熟中的调控作用。

在这篇文章中，发现番茄果实成熟过程中，mRNA m6A甲基化表现出与DNA甲基化相似的动态变化。RNA甲基组分析表明，m6A甲基化是番茄果实mRNA中普遍存在的修饰，且m6A位点富集于终止密码子周围和3'UTR区。在具有DNA超甲基化的成熟缺陷表观突变体无色非成熟(Cnr)的果实中，有1100多个转录本显示m6A水平升高，而只有134个转录本显示m6A水平降低，表明m6A的整体水平升高。m6A沉积通常与转录本丰度呈负相关。云序优势 一站式服务： 客户只需提供细胞、组织或RNA，云序生物为您完成从MeRIP富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

植物中m6A修饰的研究主要集中在拟南芥的生长发育上。然而，拟南芥是一种盐敏感模式植物。因此，有必要对m6A修饰在高耐盐作物的盐胁迫响应中的作用进行研究。甜高粱是一种能源和饲料作物，非常适合在盐碱地生长。探讨m6A在甜高粱中的修饰对阐明作物的耐盐机理具有重要意义。在本研究中，作者检测了在耐盐性不同的两个高粱基因型(耐盐的M-81E和盐敏感的Roma)中m6A的修饰。甜高粱在盐胁迫下的m6A修饰发生了剧烈的变化，特别是在Roma中，一些耐盐相关转录本的m6A修饰增加，导致mRNA稳定性增强，进而参与了甜高粱耐盐性的调控。虽然m6A修饰对甜高粱的耐盐性具有重要的调控作用，但其调控活性受初始m6A修饰水平的限制。m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译，以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。

案例1：人类mRNA上2’-O-RNA甲基化转录组图谱 原文：Nm-seq maps 2’-O-methylation sites in human mrna with base precision 期刊：Nature Methods 影响因子：26.9 美国芝加哥大学研究团队利用2’-O-RNA甲基化测序手段，检测mRNA分子上的甲基化位点。与m6A RNA甲基化测序数据相比，2’-O-RNA甲基化位点主要分布在转录组CDS区，其中近一半在剪接位点附近，相当一部分在内含子中发现Nm位点。三分之一的2’-O-RNA甲基化位点在AGAUC处存序列偏好性，并且跟随了5个碱基的A或G碱基高分布。有趣的是，2’-O-RNA甲基化位点富含三种氨基酸的编码密码子。总的来说，该文章揭示了2’-O-RNA甲基化在人类细胞中的分布特征。RNA甲基化普遍存在于拟南芥各个发育期。青海甲基化基因

环状RNA也会被m6A甲基化修饰，并会促进环状RNA编码蛋白这一有趣的结论。DNA甲基化差异

Nature | miR-1的位置特异性氧化导致心脏肥大 发表时间：2020年8月5日 影响因子：42.778 Nature上发表的来自韩国高丽大学Sung Wook团队的一篇研究在氧化还原相关疾病心肌肥大的大鼠模型中对氧化的miRNA进行了特异性测序研究。 作者在氧化还原相关疾病心肌肥大的大鼠模型中对氧化的microRNA（miRNA）进行了特异性测序。结果发现8-氧代鸟嘌呤2（o8G）修饰是选择性地在miRNA的特殊区域（位置2-8）产生的，并通过o8G-A碱基互补配对来调节其他mRNA。用肾上腺素能激动剂医治后主要在miR-1（7o8G-miR-1）的第7位诱导了o8G氧化修饰。单独引入的7o8G-miR-1或7U-miR-1（其中7位的G被U取代）足以引起小鼠心脏肥大，o8G-miR-1的mRNA靶基因在受影响的表型中起作用，反之对小鼠心肌细胞7o8G-miR-1的特异性抑制可减轻心脏肥大。o8G-miR-1也与心肌病患者有关。本研究表明miRNA的位置特异性氧化可以作为表观转录机制来协调病理生理学氧化还原介导的基因表达，为研究氧化修饰在病理生理学中的作用提供了新的思路。DNA甲基化差异

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