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m6A甲基化已经被证明与植物对病原体的抗性有关。然而,小麦(Triticumaestivum)全转录组m6A谱及其在小麦抗小麦黄花叶病毒(WYMV)中的潜在生物学功能尚未见报道。这项研究是shou次鉴定两个不同抗WYMV小麦品种的转录组m6A修饰谱。通过对m6A-MeRIP-seq数据的分析,作者在WYMV感ran的抗病小麦品种(WRV)和WYMV感ran的敏感小麦品种(WSV)中鉴定出25752个共有m6A峰和30582个共有m6A基因,这些峰主要富集在编码序列3‘UTR区和终止密码子中。GO分析和RNA测序数据显示,m6A和mRNA水平均发生明显变化的基因与植物防御反应有关。2’-O-RNA甲基化修饰在mRNA、tRNA、rRNA、miRNA等分子上分布。江西6mADNA甲基化

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PNAS|8-oxoG在mRNA中的积累可以改变哺乳动物细胞中的蛋白质翻译发表时间:2018年4月17号影响因子:9.412PNAS杂志发表了来自国家老年医学中心、北京医院研究的一篇有关O8G氧化修饰改变哺乳动物细胞中蛋白合成的研究成果。文章题目为“Transcriptionalmutagenesismediatedby8-oxoGinducestranslationalerrorsinmammaliancells”。哺乳动物细胞内形成的活性氧可以在mRNA中产生8-oxoG修饰,这一氧化修饰在基因表达过程中会导致碱基错配。本研究首先构建了一种基于超敏荧光素酶Gluc(Gussialuciferase)的报告基因检测系统,通过第二代测序技术发现当RNA中8-oxoG含量增加使U-to-G位点增加,从而诱导表达淀粉样前体蛋白的淀粉样β肽(老年痴呆的重要标志物)。该研究结果表明,8-oxoG在mRNA中的积累可以改变哺乳动物细胞中的蛋白质合成。本论文的发表为深入氧化修饰与蛋白合成间的分子机理提供了全新的研究思路!海南m7G RNA甲基化近两年高影响因子文章不断,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。

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案例:mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化促进其翻译效率原文:AcetylationofCytidineinmRNAPromotesTranslationEfficiency期刊:Cell影响因子:36.22美国ai症研究所(NCI)和弗雷德里克实验室,发现下调NAT10(RNA乙酰化酶)能够抑制Hela细胞的行为;并且ac4C是由NTA10催化的mRNA修饰,下调NAT10后,ac4C的总体水平下降;为了进一步探究ac4C的功能,作者对WT和下调NAT10的Hela细胞进行acRIP-seq和mRNA测序,发现ac4C的peak主要富集在mRNA的CDS区,同时下调NAT10能够降低ac4C在mRNA中的定点表达,并与靶mRNA的下调有很大关系;作者又进一步发现ac4C乙酰化修饰能够通过延长mRNA的半衰期并促进mRNA的稳定性,同时也能够通过ac4Cpeak中的密码子偏好性表达,决定并影响mRNA的解码效率,促进底物翻译。这些发现不仅扩大了mRNA修饰范围(包括乙酰化残基),也确立了ac4C在mRNA翻译调控中的作用。

样本要求1)样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。2)样品量:细胞:2×107组织:500mg-1gRNA:30-300μg,浓度不低于100ng/μL3)RNA质量要求:OD260/280:1.8~2.1浓度≥100ng/μlRNA无明显降解(28S:18S≥1.5或者RIN≥7)4)样品保存:新鲜组织可用RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。细胞样品,离心收集细胞沉淀后用PBS洗2遍,直接-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存Note:样品保存期间避免反复冻融。5)样品运输:样品置于1.5mlEppendorf管或冻存管中,封口膜封好,装在塑料袋中,干冰运输。ctDNA 的甲基化检测,同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势。

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RNAm6A甲基化是RNA较关键的内部修饰之一,是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。m6A修饰具有多种生物学功能,如调控mRNA翻译、转录以及稳定性等。目前,已在多种植物中发现这种RNA修饰,参与调控不同植物的各方面生物学功能。其中,拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者,许多学者将它作为研究对象,并与m6A甲基化测序技术结合,证实到RNA甲基化普遍存在于拟南芥各个发育期,并揭示了RNA甲基化相关酶在特殊发育时期,如开花,叶片形成,种子发育,根部生长等过程中发挥重要作用。m6A除了分布在 mRNA 中,也出现在很多非编码 RNA中 ,如:环状RNA 、LncRNA等。pri-miRNA甲基化文章

ctDNA 的 5mC 甲基化修饰研究仍然是一个未被充分探索的领域。江西6mADNA甲基化

案例1:拟南芥花叶根组织m6ARNA甲基化谱原文:Transcriptome-widehigh-throughputdeepm6A-seqrevealsuniquedifferentialm6AmethylationpatternsbetweenthreeorgansinArabidopsisthaliana期刊:GenomeBiology影响因子:13.21西北农林科技大学联合中科院和普渡大学,借助m6ARNA甲基化测序技术,对比拟南芥花,叶,根组织中(每种组织有两个生物学重复)m6ARNA甲基化情况。结果发现检测组织中m6ARNA甲基化修饰程度比人类高10%左右,占转录组的83%。江西6mADNA甲基化

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