ChIP-Seq（ChromatinImmunoprecipitationSequencing）因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况，因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性：需要大量细胞投入（106-107），甲醛交联易导致假阳性或假阴性，对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感，整体实验步骤复杂耗时长，测序数据背景信号高等，这些难点使得低投入量、低丰度的靶蛋白、弱结合DNA-蛋白质的研究变得较为困难。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。吉林项目表观遗传组测序不...

1、DNA甲基化富集峰的识别通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域，默认p<=1e-5（具体参数以报告为准，云序生物会根据数据，适当调整参数）的峰为统计上明显的甲基化区注：每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率2、DNA甲基化区域富集峰的注释富集峰识别后，得到的是一堆基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰但新的研究表明：无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。河南分析表观遗传组测序介绍云序优势一站式服务：客户只需提供细胞...

乳腺ai转移确诊后，患者已经很少能够彻底痊愈。但是现在，我们可以利用含有tumsor染色体异质性的ctDNA来对乳腺ai进行检测。在HSaal教授的研究中，他们对20例早期确诊的原发性乳腺ai患者进行了监测和长期随访。通过NGS和液体数字PCR联合使用的方法，他们能够覆盖很多低信号的全基因组测序结果，并且first发现，在手术后，ctDNA监测是高度精确的，其成功监测预示了93%的复发病人以及100%的没有复发的病人。基于ctDNA的监测中，转移患者的平均生存期是11个月，而在患者的长期不进展期的时候，是没有检测到ctDNA的。因此，ctDNA能够预测不良生存期。这些发现表明，我们可以利用ct...

均一的双核苷酸分布由于“GC覆盖度偏误”的存在，在连续双核苷酸的检出效率方面，WGBS对于不同的双核苷酸存在较严重的偏误，而EM-seq则能展示出均一的覆盖情况。更强的匹配率和更低的重复率相比于WGBS，EM-seq测序结果与参考基因组的匹配率更高，同时重复率更低。用更少的测序检出更多的CpG岛同等测序覆盖深度的情形下，EM-seq所发现的CpG数目要远多于WGBS，在这其中有很大比例的CpG位点是只能能用EM-seq法才能检测到的。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同...

技术简介 DNA甲基化能控制基因表达，因而在动植物的生长发育过程中发挥着关键的调控作用，并且与包括ai症在内的多种人类疾病密切相关，是表观遗传学研究的热点。 云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。配合强大的生信分析实力，我们提供的不仅是海量的测序数据，而且是根据您的研究目的，有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。青海分析表观遗传组测序是什么云序优势一站式服务：客户只需提供细胞或组织，云序生物为您...

案例1：孕妇血浆中胎儿环状DNA的特征是：呈甲基化状态以及被clear原文：CharacteristicsofFetalExtrachromosomalCircularDNAinMaternalPlasma:MethylationStatusandClearance期刊：ClinicalChemistry影响因子：8.322近期，NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA甲基化分析的测序方案，通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估，研究了胎儿环状DNA的体外clear效率。作者还发现血浆中的胎儿环状DNA与母体环状DNA相比甲基化程度相对较低。此外，和胎儿线性DNA类似，胎儿环状D...

ATAC测序的全称是AssayforTransposaseAccessibleChromatinusingsequencing,运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中活跃转录的调控序列。这项技术只需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息，应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究，在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。云序生物对染色质开放区域进行研究的技术是利用ATAC测序技术，其原理为：利用DNA转座酶可以携带DNA去识别染色质开放区域。人为地将携带已知DNA序列标签的...

而NGS技术能够检测基因突变。靶向深度测序和基于捕获物测序的方法可以在指定区域进行检测。重要的是，外显子血浆DNA分析开辟了一种新的机遇，即其可以描述突变组的特征，而不需要关注之前或者现在存在的突变。基于NGS的ctDNA全基因组测序，不仅可以发现染色体重组，易位等情况，其对tumsor标记物还具有敏感性和特异性。同时，在选定的情况下，基于NGS的ctDNA测序还能发现体细胞拷贝数的畸变。正是基于以上优势，NGS在ctDNA检测中，开始扮演越来越重要的角色。而基于NGS的ctDNA检测的效果，也在很多临床实验中得到了证实。通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。广西云序生物表观遗传组测序分析...

云序生物为您带来一种基于酶学方法的 DNA 甲基化测序技术 EM-seq（EnzymaticMethyl-seq），该方法结合使用多种酶，在保证 5mC 和 5hmC 在 Illumina 测序中仍被识别为 C 的前提条件下，将未发生修饰的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），并在后续的扩增和测序过程中被识别为胸腺嘧啶（T）。EM-seq 有效弥补了 Bis-Seq 需要极端反应条件的缺陷，可以普遍应用于包含 ctDNA 在内的微量脆弱 DNA 样品。同时，EM-seq 得到的测序结果与 WGBS 得到的转化序列相同，因此可以使用相同的数据分析流程。运用 EM-seq 技术，需低至 10ng 的 D...

报道表明：ctDNA羟甲基化不但可以作为tumsor分子标志物，还可用于追溯tumsor细胞的组织来源。在医疗大趋势下，ctDNA羟甲基化检测既具有极高的科研价值，又具备推进医疗临床实践的巨大潜能，为实现tumsor临床医治的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA羟甲基化测序，凭一管液体就可以进行tumsor诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等，是里程碑式的新型液体活检技术。云序生物率先推出ctDNA羟甲基化测序服务，低需1ngctDNA既可进行测序。客户需提供血浆，血清或体液样本，云序生物为您完成从ctDNA提取，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。ctDNA甲基化不但...

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均一的双核苷酸分布由于“GC覆盖度偏误”的存在，在连续双核苷酸的检出效率方面，WGBS对于不同的双核苷酸存在较严重的偏误，而EM-seq则能展示出均一的覆盖情况。更强的匹配率和更低的重复率相比于WGBS，EM-seq测序结果与参考基因组的匹配率更高，同时重复率更低。用更少的测序检出更多的CpG岛同等测序覆盖深度的情形下，EM-seq所发现的CpG数目要远多于WGBS，在这其中有很大比例的CpG位点是只能能用EM-seq法才能检测到的。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同...

传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但新的研究表明：无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumsor中，主要的ai基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的ai基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动tumsor异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，环状DNA可以影响细胞生命活动，促进tumsor细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，环状DNA不但可以作为一种新型特异的tumsor...

案例1：孕妇血浆中胎儿环状DNA的特征是：呈甲基化状态以及被clear原文：CharacteristicsofFetalExtrachromosomalCircularDNAinMaternalPlasma:MethylationStatusandClearance期刊：ClinicalChemistry影响因子：8.322近期，NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA甲基化分析的测序方案，通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估，研究了胎儿环状DNA的体外clear效率。作者还发现血浆中的胎儿环状DNA与母体环状DNA相比甲基化程度相对较低。此外，和胎儿线性DNA类似，胎儿环状D...

人体血液循环系统中，含有不断流动的携带一定特征（包括突变，缺失，插入，重排，拷贝数异常，甲基化等）的，来自tumsor基因组的DNA的片段。这些DNA的片段来源于四个部分：1、坏死的tumsor细胞；2、凋亡的tumsor细胞；3、循环tumsor细胞；4、tumsor细胞分泌的外排体。自1977年人类发现ctDNA以来，对其的研究就从未中断过。在1994年，研究人员鉴定了来源于tumsor的含有cancer标志性突变的DNA。加上ctDNA的无创性和易获得性，在其中发现的tumsor标志物，被认为可以用于检测tumsor早期诊断，进展过程，预后判断及个性化用药指导。但是由于ctDNA在人体血...

染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术，被普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。 云序生物提供的ChIP-Seq服务，将ChIP和高通量测序技术结合，在全基因组范围内检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点。配合强大的生信分析实力，云序生物提供的不仅是海量的测序数据，而且是根据您的研究目的，有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比...

技术简介 DNA甲基化能控制基因表达，因而在动植物的生长发育过程中发挥着关键的调控作用，并且与包括ai症在内的多种人类疾病密切相关，是表观遗传学研究的热点。 云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。配合强大的生信分析实力，我们提供的不仅是海量的测序数据，而且是根据您的研究目的，有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态。山东云序表观遗传组测序介绍案例1：小肠腺ai的特异性甲基化组图谱本文...

CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互相作用的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有**性的意义 在生物学研究中，DNA 与蛋白质之间的相互作用（DNA-Protein Interaction, DPI）是至关重要的，基因的表达、调控、复制、重组和修复，RNA 的转运、翻译和调控，都离不开 DPI，几乎所有的生命活动都会涉及 DPI。 早在十九世纪后期，科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用，从那以后，他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumsour中，主要...

ATAC测序的全称是AssayforTransposaseAccessibleChromatinusingsequencing,运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中活跃转录的调控序列。这项技术只需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息，应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究，在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。云序生物对染色质开放区域进行研究的技术是利用ATAC测序技术，其原理为：利用DNA转座酶可以携带DNA去识别染色质开放区域。人为地将携带已知DNA序列标签的...

早在去年 5 月，中国本土公司近岸蛋白质（NOVOPROTEIN）便公开了该方法替代 ChIP-Seq 的可能性与原料 ChiTagTM 酶（一种 Protein A 与 Tn5 融合蛋白）的技术原理（图1），展示了中国生物技术公司已经走出对国外公司的简单模仿，在某些领域的自主创新走在了世界的前列。Henikoff 博士的文章进一步展示了 ChiTag (Chromatin Immuno-Tagment) 酶在解决蛋白质-DNA 相互作用的巨大潜力。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化...

案例2：解析转录因子结合 原文：Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells 期刊：Genome Research 影响因子：10.10 本文通过ChIP测序系统性地调查了11种不同类型人类细胞中3种转录因子（CTCF、RNAPII和MYC）与基因组的结合情况。结果表明：CTCF主要结合在基因间区，而RNAPII和MYC则偏向于结合在启动子区。CTCF结合位点在不...

案例2：鼻细胞表观基因甲基化作为儿童哮chuan和气道炎症生物标志物的研究期刊：NatureCommunication影响因子：11.878本文作者研究团队首先借助850K甲基化芯片平台对547名儿童鼻孔细胞表观基因组做了DNA甲基化检测分析，并对当前的哮chuan、变应原致敏、变应性鼻炎、呼出气一氧化氮(FeNO)和肺功能进行了鼻表观基因组关联分析(EWAS)。结果显示DNA差异甲基化主要发生在哮chuan相关基因、参与Th2和嗜酸性反应的基因、以及可能改变呼吸上皮的通透性和功能的基因。作者还发现发现随着过敏和哮chuan生物标志物的升高，表观遗传年龄会加速。综上所述，鼻细胞外基因组甲基化可...

人体血液循环系统中，含有不断流动的携带一定特征（包括突变，缺失，插入，重排，拷贝数异常，甲基化等）的，来自tumsor基因组的DNA的片段。这些DNA的片段来源于四个部分：1、坏死的tumsor细胞；2、凋亡的tumsor细胞；3、循环tumsor细胞；4、tumsor细胞分泌的外排体。自1977年人类发现ctDNA以来，对其的研究就从未中断过。在1994年，研究人员鉴定了来源于tumsor的含有cancer标志性突变的DNA。加上ctDNA的无创性和易获得性，在其中发现的tumsor标志物，被认为可以用于检测tumsor早期诊断，进展过程，预后判断及个性化用药指导。但是由于ctDNA在人体血...

案例1：小肠腺ai的特异性甲基化组图谱本文通过MeDIP测序研究了小鼠模型小肠腺ai起始过程中的甲基化变化，发现了13,000多个与小肠腺ai发生相关的差异甲基化区（DMRs）。进一步分析发现：组蛋白修饰复合物PRC2的靶基因在高甲基化DMRs中明显富集，说明组蛋白修饰与DNA甲基化密切相关。此外，在不同类型细胞中，通过重亚硫酸盐焦磷酸测序证实：这些DMRs是腺ai细胞中全新形成的，而不是通过小肠干细胞或未分化隐窝细胞中已有甲基化模式的扩展形成的。更为有趣的是，作者发现了一些DMRs，它们在小鼠腺ai和人类结肠ai间是保守的，并因此找到了一些在结肠ai中受表观遗传修饰的基因，揭示了甲基化修饰作...

案例1.ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析期刊：ThePlantCell影响因子：8.23原文：EGRINs(EnvironmentalGeneRegulatoryInfluenceNetworks)inRiceThatFunctionintheResponsetoWaterDeficit,HighTemperature,andAgriculturalEnvironments本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种，对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测...

染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术，被普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。 云序生物提供的ChIP-Seq服务，将ChIP和高通量测序技术结合，在全基因组范围内检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点。配合强大的生信分析实力，云序生物提供的不仅是海量的测序数据，而且是根据您的研究目的，有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比...

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传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但新的研究表明：无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumsor中，主要的ai基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的ai基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动tumsor异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，环状DNA可以影响细胞生命活动，促进tumsor细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，环状DNA不但可以作为一种新型特异的tumsor...

cfDNA（CellfreeDNA）是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段，是一种新型的分子标记物。ctDNA（CirculatingtumorDNA）特指来源于tumsor细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。报道表明：ctDNA羟甲基化不但可以作为tumsor分子标志物，还可用于追溯tumsor细胞的组织来源。在医疗大趋势下，ctDNA羟甲基化检测既具有极高的科研价值，又具备推进医疗临床实践的巨大潜能，为实现tumsor临床医治的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA羟甲基化测序，凭一管液体就可以进行tumsor诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发...