ctDNA甲基化机制

云序特色 √ j较全产品线：可针对性地检测不同类型RNA分子的O8G氧化； √ 特异性高：特异性富集和检测O8G氧化的 RNA的片段； √ 全转录组覆盖：全转录组范围的RNA O8G氧化检测； √ 全物种检测：可以检测几乎任何动植物的O8G氧化； √ 专业化的生信分析：强大的生信团队，专业的O8G氧化数据分析； 产品分类 O8G 全转录组测序：同时检测O8G氧化的环状RNA，LncRNA和mRNA； O8G 环状RNA测序：检测O8G氧化的所有环状RNA； O8G LnRNA测序：同时检测O8G氧化的LncRNA和mRNA； O8G mRNA测序：检测O8G氧化的所有mRNA；云序生物自2018年推出了超微量RNA甲基化测序。ctDNA甲基化机制

案例1：哺乳动物mRNA内m7G甲基化转录组图谱 期刊：Molecular Cell 影响因子：14.25 由于全部种类的反转录酶均无法将RNA m7G位点逆转录成对应发生碱基突变的cDNA，为了准确的探究RNA内m7G甲基化情况，何川团队利用m7G自带正电荷的特征，开发了新的m7G单碱基深度测序方法。该方法能够将RNA内含m7G位点转化为另一种可产生反转录碱基变异的新位点，并依据碱基变异率估计m7G位点的甲基化水平。此方法随后也被证实可检测18S rRNA中的1639位内含m7G位点以及可揭示人类细胞tRNA中的22个46位内含m7G位点。并观测到其在mRNA分布、富集的共有序列及其它统计特征与m7G-MeRIP-seq数据基本保持一致。该文章不仅揭示了m7G甲基化在人类细胞中的分布特征，同时还发现METTL1是一种甲基转移酶，它在mRNA中催化了m7G甲基化修饰，并表明m7G的内部甲基化可以影响mRNA的翻译。组蛋白甲基化过程将甲基化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育。

案例1：拟南芥花叶根组织m6ARNA甲基化谱原文：Transcriptome-widehigh-throughputdeepm6A-seqrevealsuniquedifferentialm6AmethylationpatternsbetweenthreeorgansinArabidopsisthaliana期刊：GenomeBiology影响因子：13.21西北农林科技大学联合中科院和普渡大学，借助m6ARNA甲基化测序技术，对比拟南芥花，叶，根组织中（每种组织有两个生物学重复）m6ARNA甲基化情况。结果发现检测组织中m6ARNA甲基化修饰程度比人类高10%左右，占转录组的83%。

研究表明，RNAm6A修饰影响mRNA的转录、定位、翻译、稳定性、剪接和核输出。然而，转录组m6A谱及其在白菜热胁迫中的潜在生物学作用尚缺乏足够的资料。通过MeRIP-seq获得白菜中RNAm6A修饰的first转录组全谱。同时，通过分析Input测序数据获得转录组数据。发现在正常组(CK)和热应激组(T43)中鉴定出11252个m6A共有峰和9729个含有m6A的共有基因。且CK组和T43组中，m6A峰均在3’UTR区高度富集。大约80%的基因有一个m6A位点。m6A峰的共识基序为AAACCV(V:U/A/G)。此外，关联分析发现m6A的甲基化程度与转录水平存在一定的相关性，说明m6A在基因表达中起一定的调控作用。植物中m6A修饰的研究主要集中在拟南芥的生长发育上。然而，拟南芥是一种盐敏感模式植物。因此，有必要对m6A修饰在高耐盐作物的盐胁迫响应中的作用进行研究。甜高粱是一种能源和饲料作物，非常适合在盐碱地生长。RNA m6A是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。

近年来，科学家们发现了一种可逆的RNA甲基化—m6A，即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上发生甲基化修饰(N6-methyladenosine，m6A)。研究发现，m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰，m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译，以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。种种研究迹象表明m6A 存在于很多物种中，占到了 RNA甲基化修饰的80%。m6A除了分布在 mRNA 中，也出现在很多非编码 RNA中 ，如：环状RNA 、LncRNA等。Nature正刊发表文章，证实发生m6A RNA甲基化修饰可以调控mRNA稳定性。而随后Cell Research也发表文章，证实环状RNA也会被m6A甲基化修饰，并会促进环状RNA编码蛋白这一有趣的结论。采用类似ELISA抑 制竞争免疫的方法，实验样本和RNA甲基化标准品与RNA甲基化抗体共孵育。甘肃ac4C RNA乙酰化甲基化

种种研究迹象表明m6A 存在于很多物种中，占到了 RNA甲基化修饰的80%。ctDNA甲基化机制

原文：METTL4catalyzesm6AmmethylationinU2snRNAtoregulatepre-mRNAsplicing期刊：NecleicAcidsResearch影响因子：16.48新加坡南洋理工大学的研究人员通过人类全转录组RNA甲基化测序，在Mettl4敲除组与野生型对照组之间寻找出m6Am相对甲基化水平的差异位点，其中U2snRNA的第30位RNA残基有明显的m6Am修饰水平差异。进一步的FLAG-tag融合蛋白实验证明，METTL4蛋白直接催化了U2snRNA上的m6Am甲基化修饰的发生。METTL4过表达实验发现，其催化的RNA内部m6Am修饰位点具有HMAGKD的序列motif特征（H=A/C/U,M=A/C,K=G/U,D=A/G/U）。在Mettl4敲除的人类细胞中，因为U2snRNA无法完成m6Am修饰，故而对snRNA的pre-mRNA剪接功能产生了诸多影响。ctDNA甲基化机制

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