由于细胞作为机体的基本单元,在特定的空间位置与微环境协同,发挥其特有的生物学功能,所以对于研究和理解细胞生物学、**生物学、发育生物学等学科的发生机制来说,空间位置信息尤为重要。显微成像(包括超分辨率和单分子成像)、多重荧光原位杂交等技术的发展加深了我们对细胞、组织结构和功能的理解;测序技术使得我们能够对未知的细胞或组织中基因的表达情况进行定量和定性分析。空间转录组可以结合显微成像和测序技术在获得基因表达数据的同时很大程度的保留样本的空间位置信息,使得研究人员能够发现更多有价值的东西。Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq。湖南发展空间转录组美国脑...
空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着,使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序,均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具**置的转录信息,为研究和诊断提供有效数据支撑。当组织冷冻切片附在空间转录组载片上时,条形码引物结合并从组织中捕获邻近的mRNA。被捕获的mRNA开始逆转录,得到的cDNA中包含了空间条形码。分析Illumina测序结果中空间条形码的序列,可以将每个mRNA...
单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接下来的时间里,单细胞转录组和空间转录组将为生命科学的发展做出极其重要的贡献。单细胞转录组测序技术的特点在于提供详实的每个细胞的转录表达信息,但是缺失了来源组织的空间组成信息。现有商用空间转录组测序技术的特点在于提供了完整的组织空间位置信息,但是每个捕获spot的信息无法达到单细胞分辨率(10个左右细胞)。因...
单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接下来的时间里,单细胞转录组和空间转录组将为生命科学的发展做出极其重要的贡献。单细胞转录组测序技术的特点在于提供详实的每个细胞的转录表达信息,但是缺失了来源组织的空间组成信息。现有商用空间转录组测序技术的特点在于提供了完整的组织空间位置信息,但是每个捕获spot的信息无法达到单细胞分辨率(10个左右细胞)。因...
如果只是通过空间转录组或者单细胞转录组,研究人员在两个样本中均可以发现淋巴细胞相关基因或者淋巴细胞群,无法解释两个样本预后之间的差异。但是通过空间转录组,就能很清晰看到两个样本之间的差异。作者借助空间转录组测序技术探究人类心脏在发育过程中的基因表达特征和细胞图谱变化,发现对于每个发育阶段的不同解剖区域,都有独特的基因表达特征。结合单细胞转录组测序技术,作者进一步确定和丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释信息。 有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据,包括基因模式的识别,空间区域的转录组定义等。广西空间转录组规格空间基因表达技术能够在保留空间背景信息的同时,多方位测量转录组谱。然而,现有的分...
和单细胞转录组一样,空间转录组也可以进行细胞间通讯分析,区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。通常通过了解配体受体(LR)对并测试 LR 对是否更有可能在邻近细胞或 spot 中表达来完成。还有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据,包括基因模式的识别,空间区域的转录组定义, 基因间的相互作用推断,转录本的亚细胞定位以及基于H&E图像的基因表达估算等。1. 欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。过真实研究案例聚焦包括单细胞转录组、单细胞基因组、单细胞代谢组、空间转录组。品质空间转录组质量空间转录组是在组织原位检测基因...
10xVisium空间转录组技术原理为将新鲜冷冻的组织切片,置于文库制备载玻片上,经过固定、染色和透化后,释放出mRNA,mRNA与空间条形码捕获探针相结合,从而捕获基因表达信息。然后将捕获的mRNA合成cDNA并制备测序文库进行测序,并对数据进行可视化分析。空间转录组技术作为当今**前沿的科研技术,相信很多老师都希望将其运用于自己的课题中,快速发表高分文章。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。研究通过对 ALS 小鼠疾病进程(症状前、发病、症状期和终末期)的脊髓组织进行空间转录组测序。江苏空间转录组有什么用单细胞空间转录组数据分析可视...