和单细胞转录组一样，空间转录组也可以进行细胞间通讯分析，区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。通常通过了解配体受体（LR）对并测试 LR 对是否更有可能在邻近细胞或 spot 中表达来完成。还有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据，包括基因模式的识别，空间区域的转录组定义， 基因间的相互作用推断，转录本的亚细胞定位以及基于H＆E图像的基因表达估算等。1. 欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。过真实研究案例聚焦包括单细胞转录组、单细胞基因组、单细胞代谢组、空间转录组。品质空间转录组质量
空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术，与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比，空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失，使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点，近年来关于空间转录组无论是在技术开发，还是大规模应用或商业化，都得到蓬勃发展。例如2019年4月，Science发文通过空间转录组揭示ALS（肌萎缩侧索硬化症，又称渐冻症）分子病理的时空动态；2019年8月，Nature在线发表了景乃禾团队解析小鼠早期胚胎细胞的时空表达数据；2020年9月，Cell上发表了一篇利用空间转录组解析人鳞状细胞*的文章；2021年1月，Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。品质空间转录组质量通过培训系统掌握空间转录组测序原理和方案设计思路，助力科学研究。
近日，欧易生物合作客户中国科学院上海营养与健康研究所冯英研究组合作在先进科学（IF 16.806）发表通过单细胞转录组测序揭示Myf5衍生细胞的异质性以及其缺失SRSF2后肌源性命运改变的相关结果，郭若晨博士为文章***作者，上海营养与健康研究所冯英研究员，济宁医学院出生缺陷研究与转化协同创新中心陈瑞蛟研究员为该论文的共同通讯作者。欧易生物提供了该项目的单细胞转录组测序和分析，文章特别致谢了欧易生物巴永兵和李炼在单细胞分析中提供的帮助。
在上一篇中我们介绍了利用10×Genomics空间转录组平台研究植物样本时，从样本包埋到玻片染色的基本实验流程。本文中，小欧针对实验流程中**为关键的步骤——切片和贴片实验中的一些操作小技巧进行了整理，希望能帮助大家更好地开展植物空间转录组学的项目研究。切片完成后并不意味着整个切片过程就结束了，如何把样本切片又快又好的贴到玻片上，尤其是正式玻片的特定有效捕获区域内，也是确保后续实验顺利进行的关键问题。对于动物样本，虽然有些疏松结缔组织或脂肪组织样本在切片时也会出现易破碎的现象，但对于大部分比较致密的结构组织样本，切片和贴片相对比较容易，对组织修片（调整组织大小）也相对简单些。但对于植物组织样本而言，则需要关注到更多操作细节。研究的***主要集中于人类和小鼠的大脑，而其他***（例如肝脏）的空间转录组学研究相对滞后。
空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术，与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比，空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失，使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大，或是存在有效测序深度不足等问题。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点，近年来关于空间转录组无论是在技术开发，还是大规模应用或商业化，都得到蓬勃发展。
如何通过“HE染色”判断空间转录组项目样本是否为“好的样本”呢？品质空间转录组质量
结合空间转录组测序技术，作者进一步确定和丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释信息。品质空间转录组质量
空间转录组的应用有哪些？一、发现疾病的空间异质性：同时了解患病组织中的细胞类型及其定位有助于解决空间分辨的转录组学问题。在不同的环境下，明智地选择这些方法在生物学研究中也是至关重要的，例如在神经科学中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法适用于小样本（例如临床样本）以及整个转录组或基因组分析。二、构建空间转录组图谱：借助于空间分辨的单细胞转录组学，建立图谱可能是在分子水平上研究生物体结构的重要步骤。目前的多项研究通过单细胞转录组技术结合空间转录技术，得到多个***的时空转录组图谱（相关研究后续会在如下专辑更新）。品质空间转录组质量
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