如果只是通过空间转录组或者单细胞转录组，研究人员在两个样本中均可以发现淋巴细胞相关基因或者淋巴细胞群，无法解释两个样本预后之间的差异。但是通过空间转录组，就能很清晰看到两个样本之间的差异。作者借助空间转录组测序技术探究人类心脏在发育过程中的基因表达特征和细胞图谱变化，发现对于每个发育阶段的不同解剖区域，都有独特的基因表达特征。结合单细胞转录组测序技术，作者进一步确定和丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释信息。 有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据，包括基因模式的识别，空间区域的转录组定义等。广西空间转录组规格
空间基因表达技术能够在保留空间背景信息的同时，多方位测量转录组谱。然而，现有的分析方法并没有解决技术分辨率有限或有效利用空间信息的问题。来自美国的科研团队开发了BayesSpace，这是一种完全贝叶斯统计方法，它使用来自空间邻域的信息来增强空间转录组数据的分辨率并进行聚类分析。BayeSpace通过使用的Bioconductor SingleCellExperiment数据结构将预处理数据作为输入，无缝集成到空间转录组分析工作流中，输出同样存储在SingleCellExperiment对象中，该对象可用于下游分析。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。广西空间转录组规格空间转录组相关的显微解剖技术通常分为两类：机械和光学。
空间转录组转录组技术的发展主要经历了三个比较重要的阶段，第一阶段是对大量混合细胞进行转录组测序，第二个阶段是单细胞转录组测序，现在我们讲的就是第三结算空间转录组测序可以同时获得细胞的空间位置信息和基因表达数据。它通过细胞穿透肽，将一个光作用的生物素标签引入活细胞中。通过对选定的区域或单细胞进行光作用，poly(U)序列暴露出来，并与细胞mRNA的poly-A尾退火。之后利用链霉亲和素与标签上的生物素相结合，可以收集捕获的mRNA，进一步用于RNA-seq。虽然它可以应用于组织，但它的主要限制是其通量低，一次只能分析少数单个细胞。此外，对活组织的应用限制了它在模型系统分析中的应用。
空间转录组的应用有哪些？一、发现疾病的空间异质性：同时了解患病组织中的细胞类型及其定位有助于解决空间分辨的转录组学问题。在不同的环境下，明智地选择这些方法在生物学研究中也是至关重要的，例如在神经科学中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法适用于小样本（例如临床样本）以及整个转录组或基因组分析。二、构建空间转录组图谱：借助于空间分辨的单细胞转录组学，建立图谱可能是在分子水平上研究生物体结构的重要步骤。目前的多项研究通过单细胞转录组技术结合空间转录技术，得到多个***的时空转录组图谱（相关研究后续会在如下专辑更新）。许多当前时代空间转录组技术的基础都是在自七十年代以来的几十年间建立的。
空间转录组技术包含两种芯片，分别为组织优化芯片（Tissue Optimization）和基因表达芯片（Library Preparation）。组织优化芯片用来摸索组织透化的比较好时间，基因表达芯片用来进行正式样本的空间转录组实验。其中基因表达芯片上有 4 个捕获区域，每个区域大小为 6.5mm×6.5mm，每个捕获区域中有 5000 个带有特异地址序列的探针簇，称为 barcoded spots，每个 spot 直径为 55um，包含数百万个用于捕获的 oligo 探针序列，相邻两个 spot 的中心距离为 100um。探针序列的结构为：测序引物结合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。广西空间转录组规格
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单细胞空间转录组数据分析可视化平台 目前， 8种空间转录组技术，这些数据来自5个物种，包括人类、小鼠、果蝇、秀丽隐杆虫线和斑马鱼。研究团队针对这些数据集进行了整合中统计描述的转录组技术研究团队从论文中提取了每种技术的简要说明和示意图，并研读了每个数据集的原始论文，提取相应的元数据，包括出版信息、数据描述、实验设计、样本和数据可用性等。单细胞空间转录组于数据集中来自不同组织、处理方法的样本或生物技术复制品，研究团队将其手动划分为305个子数据集。所有收集的数据集和研究结果均有文章发表。可用于可视化和比较空间分辨下的转录组数据。该数据库提供的空间差异表达基因及丰富的功能注释，有助于进一步数据分析。组织细胞的空间结构提供了一个资源库，并为了解疾病中的细胞微环境带来新的见解。目前，空间转录组可从获得，无需注册或登录。人类细胞图谱计划的主要目标之一是表征所有细胞类型的空间关系，同时基于表达特征在空间上映射多种细胞类型可能的相互作用。广西空间转录组规格
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