西藏外泌体环状RNA pull down

环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对其丰富的表达谱研究，环状RNA功能机制研究还处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达。其实，环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白，分别在转录前、后及翻译水平严格调控细胞生殖生长等过程。云序曾对环状RNA经典研究思路进行过详细解析（2018国自然研究热点一环状RNA研究深度剖析），感兴趣的老师可以查询浏览。circRNA 早于20世纪70年代在RNA病毒中被发现。西藏外泌体环状RNA pull down

为了更全检测小麦中所有环状RNA的表达情况，研究人员分别对PEG和水处理后的小麦幼苗叶子进行环状RNA测序，共发现了88条环状RNA。通过对环状RNA的基因组来源进行分析，发现环状RNA可分为5类，其中基因间（intragenic）产生的环状RNA占大多数。接下来，研究人员系统分析了不同样本之间环状RNA的表达情况，发现62条环状RNA差异表达，这暗示着这些环状RNA可能在脱水应激中发挥作用。为了验证测序结果的准确性，研究人员挑选了16条环状RNA，利用“divergentprimers”进行环状RNA定量PCR检测。广东外泌体环状1993年在小鼠精子决定基因Sry中发现环状转录。

中国医学科学院放射医学研究所刘强团队利用云序生物提供的全转录组测序服务成功揭示了circRNAs在小鼠空肠辐射后表达的变化，为研究circRNAs在辐射致肠损伤中的作用提供了靶分子。高质量的测序技术对每一个环状的表达都做到准确检测，生信分析可视化从宏观角度（染色体分布、成环位置）给出了所有对于放射处理后在小鼠空肠组织当中环状RNA分子的表达情况。筛选差异表达的环状RNA进行环状RNA定量PCR验证，GO分析揭示包括结合、催化、细胞因子和细胞分泌等GO条目均发生富集。KEGG分析预测结果显示差异环状RNA的靶基因与MAPK信号通路相关，理论与预测完全相符。海绵机制预测ceRNA网络图，按照海绵机制的反式调控方式，该网络中包括42个上调和48个下调的环状RNA分子，以及预测相互结合的22个靶基因mRNA。

研究二：环状RNA分子细胞表型作者发现Cia-cGAS是由D430042O09Rik的4、5、6号外显子连接成环。且位于外显子上下游的内含子区域具有成环所需高度同源序列。作者通过Cas9技术手段，敲除一端同源序列后，成功获得Cia-cGAS敲除小鼠模型。敲除小鼠中LSK祖细胞明显增多，LT-HSC明显减少，且基因敲除小鼠出生6个月后会死于贫血。对基因敲除小鼠中LT-HSC进行BrdU染色，结果说明敲除小鼠中LT-HSC细胞处于增殖分裂活跃期。同时脉冲标记H2B-GFP小鼠模型证实Cia-cGAS敲除后，静息状态的LT-HSC细胞比例明显降低。环状RNA可以抵抗核酸外切酶的降解作用。

3.生物信息学分析，AZ处理相关环状RNA的功能预测2013年两篇Nature文章揭示环状RNA具有miRNA海绵的功能，它可以吸附miRNA来调节相关基因的表达。此后，环状RNA的ceRNA功能机制正被人们广fan研究。研究人员通过生物信息学预测，发现282条AZ相关差异表达的环状RNA含有miRNA的结合位点，每个环状RNA的结合位点数从1到21不等。基于这些数据，研究人员根据它们的结合能力选出了5个miRNA。然后他们随机选择了5个差异下调的环状RNA，并使用前5个预测的miRNA构建了circRNA-miRNA网络。可以看出每个环状RNA有多个miRNA结合位点，且一些环状RNA与同一miRNA的结合位点是相同的，暗示着环状RNA彼此之间的竞争性与miRNA结合。以上结果表明非洲爪蟾体内环状RNA可能存在的miRNA的海绵功能。环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子，也是RNA领域新的研究热点。海南m1A环状dna

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研究一：环状RNA分子筛选及验证为探索造血干细胞功能相关的circRNA分子，作者比较了小鼠不同造血干细胞（LT-HSC，ST-HSC和MPPs）中全转录组变化情况，找出了156种明显性差异表达的circRNA分子，其中49种在LT-HSC中高表达。RNaseR及qPCR实验证实其中9种为真实LT-HSC中高表达环状RNA分子。为有效筛选造血干细胞相关的circRNA分子，作者通过体内circRNA干扰实验，发现只有干扰Cia-cGAS后才能明显影响小鼠体内造血干细胞亚群分布，并表现为LSK祖细胞数量明显增加，与此同时LT-HSC细胞数量明显减少。因此，作者结合转录组数据以及体内、体外验证实验，锚定Cia-cGAS分子进行后续分子机制研究。西藏外泌体环状RNA pull down

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