在一些反应中，三氟乙酸作为母液需要回收，其重要目的是为了出去其中的水分，但由于三氟乙酸易与水形成共沸物，因此不能采用蒸馏的方法进行分离。参照三氟乙酸纯化工艺，将三氟乙酸母液制成钠盐，然后再用浓硫酸酸化，蒸出三氟乙酸。在中和反应中，放热较小，但由于反应会产生大量的二氧化碳气体，所以，过快的滴加速度将导致二氧化碳浓度瞬间增加，体系有产生憋压的可能。三氟乙酸钠易溶于水，在过滤中容易吸收空气中的水形成过饱和溶液而堵塞滤孔并流失，所以较好的方法是蒸除大部分水后，直接进行干燥处理。三氟乙酸与三氯乙酸不同，在酸、碱的作用下不被水解。北京有机合成试剂三氟乙酸电子级CAS号
除了作为反应的溶剂，三氟乙酸因为其较好的溶解性，在高效液相色谱中常常被用作流动相，用来分离一些难以区分的化合物，在化合物核磁共振检测中，也常常利用氘代三氟乙酸作为溶剂，用来区分一些诸如卟啉类的大环分子内的氢的变化。三氟乙酸除了作为反应的催化剂和溶剂之外，还是很好的保护剂和脱保护剂，作为保护剂常用来保护氨基和羟基，作为脱保护剂，经常用来脱Boc；此外，三氟乙酸还可以用来制备合成一些三氟乙酸衍生物，例如三氟乙酸酐，它是一种重要的中间体，在医药、农药等化学合成中有很好的用途，市场前景广阔。三氟乙酸的生产主要集中在欧洲、北美、印度和中国，其中国内三氟乙酸的产能约占全球的一半，主要集中在浙江、山东、江苏等地，三氟乙酸在未来一段时间仍将是化工领域的宠儿。太仓有机化合物三氟乙酸电子级作用三氟乙酸可以与碱反应生成相应的三氟乙酸盐。
三氟乙酸性质：强刺激性无色液体，溶于水、乙醇，它是许多有机化合物的良好溶剂，如与二硫化碳合用，可溶解蛋白质，不燃，受热分解或与酸类接触放出有毒气体，具有强腐蚀性。制法：三氟乙酸可由3，3，3--氟丙烯经高锰酸钾氧化制得；或由三氯乙腈与氟化氢反应，首先生成三氟乙腈，继而水解制得；也可用乙酸或乙酸酐进行电化学氟化制得。用途：三氟乙酸是重要的有机合成试剂，由它可以合成各种含氟化合物、杀虫剂和染料；三氟乙酸也是酯化反应和缩合反应的催化剂；还可作为羟基和氨基的保护剂，用于糖和多肽的合成。安全性：小鼠静脉注射LD50：1200mg/kg，吸入、经口或经皮肤吸收对身体有害，对眼睛、皮肤、黏膜和呼吸道有强烈的刺激作用。
三氟乙酸（TFA）普遍用于合成多肽的工艺中作为切割剂及脱保护剂，临床使用存在毒性。目前我国药典将其纳入需控制的溶残，归为四类溶剂，但对其控制限量尚无明确规定，通常按三类溶剂的限度0.5%限定。多肽药物固相合成中，对于合成含有半胱氨酸、组氨酸、精氨酸、等带侧链功能基的氨基酸多肽来说，为了避免由于侧链功能团所带来的的副反应，一般需要用适当的保护基将侧链基团暂时保护起来。保护基的选择既要保证侧链基团不参与形成酰胺的反应，又要保证在肽合成过程中不受破坏，同时又要保证在后面的肽链裂解时能被除去。因使用TFA将肽链从树脂上切下的同时能对R侧链的保护基进行脱保护，且不同侧链对应的不同保护基，基本都能用TFA进行去保护，故目前几乎所有固相合成工艺均会在工艺中使用TFA。三氟乙酸优于其他离子修饰剂的原因是它容易挥发，可以方便地从制备样品中除去。
三氟乙酸是一种具有广阔前景的三氟甲基化试剂。在含氟基团中, 三氟甲基基团是一种重要的结构单元, 不仅可以用于染料、高分子材料的改性, 也可以调节药物的代谢活性, 提高脂溶性、生物渗透性和靶向选择性等, 在改善药效和药物动力学方面具有重要作用。大量已经上市或处于临床试验中的药物含有三氟甲基, 表现出了相较于其他药物更好的疗效。例如, 用于改善重度抑郁症、神经性贪食、强迫性神经失调的药物Fluoxetine与传统抗忧郁药物相比副作用较小; 新一代非甾体镇痛药celecoxib用于多种临床常见的急性疼痛、术后疼痛等, 也用于慢性疼痛, 如骨关节炎、类风湿关节炎、强直性脊柱炎等; enzalutamide被认为是比较好的一个转移性前列腺疾病的药物。此外, 还有其他一些含三氟甲基的药, 包括dutasteride、bicalutamide、leflunomide、nilutamide、dexiansoprazole等。不仅许多医药中含有三氟甲基基团, 很多农药中也含有三氟甲基基团。例如, 除草剂氟乐灵(Trifluralin)、吡氟禾草灵(Fluazifop-butyl)、乙氧氟草醚(Oxyfluorfen)和杀虫剂氟虫腈(Fipronil), 氟啶脲(Chlorfluazuron)以及杀菌剂啶氧菌酯(Picoxystrobin)等。这些含三氟甲基农药在农业生产中发挥了非常重要的作用。三氟乙酸还可以用于有机合成中的氧化反应和脱水反应。深圳有机化合物三氟乙酸电子级分子式
三氟乙酸可以氧化许多有机物，如醇、醛和酮等，从而实现有机合成的目的。北京有机合成试剂三氟乙酸电子级CAS号
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