上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,专注于表观修饰以及转录组领域,依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术,集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。云序生物聚焦于科研前沿领域,针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。截止2019年5月,公司已取得软件著作权18项,专li2项,软著分别为m6A RNA甲基化、m5C RNA甲基化、chip、circRNA、lncRNA、piRNA、miRNA、mRNA等高通量测序数据分析系统(软件)。m6A RNA修饰上游酶的筛选。四川m6A研究
RNA剪接后,成熟的mRNA必须从细胞核中输出以在细胞质中翻译或降解。研究者检测到STH处理的he心La细胞中细胞核mRNA的保留时间增加了40%,但是多聚腺苷酸化的RNA没有变化。在具有增强的m6A水平的ALKBH5缺陷型细胞中,通过5-溴尿苷(BrU)掺入分析观察到新生合成的RNA主要分布在细胞质中。据报道,不同的RNA种类通过核孔复合物利用不同的途径进行核输出。TAP-P15复合体是在衔接蛋白如ALY/REF衔接子、SR蛋白和TREX复合物的协助下用于mRNA输出。由于ASF/SF2的磷酸化水平决定其在剪接或核输出中的功能,因此推测由ALKBH5缺陷引起的ASF/SF2磷酸化减少将加强其与TAP/P15复合物的相互作用从而导致核mRNA输出加速。与mRNA不同,rRNA可以招募几种不同的途径使其出口更有效率。rRNA核出口可能不会受到ALKBH5缺陷的显着影响。有趣的是,ALKBH5缺陷也导致细胞质中SRPK1蛋白异常聚集。 SRPK1负责剪接因子的磷酸化,以促进其参与前mRNA的剪接。天津m6A平台发表10分以上文章较多的m6A RNA甲基化测序服务平台。
已知RNA存在超过100种修饰。在真核生物中,5’端的Cap以及3’的ployA修饰在转录调控中起到了十分重要的作用,而mRNA的内部修饰则用于维持mRNA的稳定性。mRNA较常见的内部修饰包括N6-腺苷酸甲基化(m6A)、N1-腺苷酸甲基化(m1A)、胞嘧啶羟基化(m5C)等。对于大热的m6A,截至2017年,全球的科学家已经鉴定了参与m6A的许多酶,包括去甲基化酶、甲基化酶和甲基化识别酶等。芝加哥大学的何川教授对此贡献巨大。来自中科院北京基因组研究所的杨运桂研究员也是这方面的大牛。
早在上世纪60年代,除了传统的ACGU四种碱基外,Cohn等人已经在RNA上发现了大量的碱基位点修饰。Holley等人于1965年,首ci在酵母的tRNA中鉴定了包括假尿苷(pseudouridine)在内的十余种不同的RNA修饰。已知绝大部分真核生物中,mRNA在5’ Cap处存在甲基化修饰,作用包括维持mRNA稳定性、mRNA前体剪切、多腺苷酸化、mRNA运输与翻译起始等。而3’ polyA发生的修饰有助于出核转运翻译起始以及与polyA结合蛋白一起维持mRNA的结构稳定。云序生物聚焦于科研前沿领域,针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译。
mRNA前体的剪接是基因表达中的重要步骤,它涉及内含子的精确切除和核中初级转录本外显子的连接以产生成熟的mRNA。很早提出的m6A的作用之一是作为RNA剪接的调节剂,目前已有许多证据支持m6A与RNA剪接的相关性,尽管确切的机制尚不清楚。例如,在经环亮氨酸处理的禽肉瘤病毒感ran的细胞中,存在mRNA前体的明显累积,而成熟mRNA的减少;从METTL3敲低的he心pG2细胞的m6A-IP/RNA-seq数据分析显示,许多基因特别是甲基化基因显示异构体水平的差异表达,但是基因水平并无差异。同时,剪接的外显子和内含子显着富集了m6A峰,表明m6A与mRNA的选择性剪接之间的内在联系。YTHDF1 通过结合 m6A 修饰的 MYC mRNA 来促进其翻译。北京m6A是什么
N6-甲基腺苷(m6A)是哺乳动物mRNA中普遍存在的表观遗传学标记。四川m6A研究
在本研究当中,作者发现: 肺腺ai组织当中,m6A 的去修饰化酶 FTO 的表达水平存在下调。 Wnt 信号诱导的 EZH2/β-catenin/LEF/TCF 复合体结合于 FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域,通过组蛋白 H3K27me 的甲基化抑制了 FTO 基因的转录。 通过m6A MeRIP-seq发现FTO 的表达下调使得包含 MYC 在内的多种代谢相关基因的 mRNA 的 m6A 修饰水平升高。 MYC mRNA 的 m6A 修饰可以募集 m6A 识别蛋白 YTHDF1 的结合,从而促进 c-Myc 蛋白的翻译表达,进而提升tumour细胞的糖酵解水平和细胞增殖能力,促进tumour发生。四川m6A研究
上海云序生物科技有限公司发展规模团队不断壮大,现有一支专业技术团队,各种专业设备齐全。在云序生物近多年发展历史,公司旗下现有品牌高通量测序,测序合成,科研,技术服务等。公司坚持以客户为中心、上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,专注于表观修饰以及转录组领域,依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术,集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。市场为导向,重信誉,保质量,想客户之所想,急用户之所急,全力以赴满足客户的一切需要。诚实、守信是对企业的经营要求,也是我们做人的基本准则。公司致力于打造***的RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体。