采用TMT标记定量蛋白质组学技术对三个脱水特殊阶段（21、27和40DAP）的新鲜莲种胎进行了蛋白质组学分析，共鉴定了5,477个蛋白质。对测试样本进行了PCA分析，结果显示，不同组间样品具有很好的区分，每组的三个重复样本被聚集在一起。PCA的前两个成分占总方差的70％以上（图2A）。三个试验组之间共有815个差异表达蛋白。其中，198个（32%）和198个（26%）蛋白质丰度增加，而420个（68%）和558个（74%）蛋白质丰度在27DAP和40DAP组分别下降（图2B）。只有30个蛋白质的丰度在27DAP和40DAP组之间具有***变化（图2C）。蛋白质组学技术简介及应用场景。江苏血清蛋白组学
蛋白质组定量到了10,529种蛋白质，磷酸化蛋白质组定量到了来自9,832个磷酸化蛋白的62,879个磷酸化位点。基因组确定了包括TP53、KRAS、FGFR2、IDH1/2、BAP1、ARID1A和PBRM1在内的16个***改变的**驱动基因（图1A）。与西方iCCA人群队列相比，本文队列显示出更高的KRAS突变频率和更低的IDH1、ARID1A和TERT突变频率（图1B）。在FU-iCCA队列中观察到黄曲霉***和马兜铃酸特征（图1C）。通过比较具有或不具有黄曲霉***特征的所有**的多组学数据，发现具有黄曲霉***特征的**显示出DNA修复和细胞周期通路的上调以及细胞凋亡、***炎症和免疫通路的下调（图1E）。进一步分析显示，TP53突变与黄曲霉***特征***相关（图1F和1G）。江苏血清蛋白组学定量蛋白质组学 蛋白质进行质谱检测未知蛋白进行全检测。
iTRAQ蛋白质组学研究实用案例：2021年8月，浙江大学药学院何俏军、罗沛华团队在Autophagy期刊发表了题为“Autophagic degradation of CCN2 (cellular communication network factor 2) causes cardiotoxicity of sunitinib”的研究成果，通过动物模型、功能实验、iTRAQ蛋白质组学等研究方法，发现了舒尼替尼诱导的自噬导致心肌细胞凋亡和心脏功能障碍，探究了舒尼替尼诱导的适应不良自噬通过TOLLIP介导的内体相关通路选择性降解心肌细胞存活介质CCN2的机理，揭示了调节心肌细胞死亡的自噬降解新靶标蛋白。为提高基于舒尼替尼的*****安全性提供了方法及理论依据。中文标题：CCN2的自噬降解导致舒尼替尼的心脏毒性研究对象：小鼠发表期刊：Autophagy影响因子：16.016发表时间：2021年8月合作单位：浙江大学药学院运用生物技术：iTRAQ蛋白质组学(由鹿明生物提供技术支持)
采用RNA-Seq转录组学分析和DIA蛋白质组学分析，研究了AC和AL对db/db小鼠的影响。转录组分析共鉴定出16812种不同的蛋白质编码转录本。其中，2837个（约16.9%）在正常组和对照组之间有***差异，表明db/db小鼠在转录水平上与野生型小鼠***不同。与对照组相比，共有3749个基因因摄入AC而发生***改变（2201个下调，1548个上调），560个基因（430个下调，130个上调）因摄入AL而发生***改变（图3B）。DIA蛋白质组学分析鉴定出2729种蛋白质。正常组和对照组之间共发现1059个（约占总鉴定蛋白质的38.8%）DEPs，AC处理有230个蛋白质发生***变化（109个上调，121个下调），AL处理有211个蛋白质发生***变化（116个上调，95个下调）。蛋白组+代谢组+脂质组-数据分析系统。
作者使用通过单细胞蛋白组学产生的数据来观察在肾小球细胞或近端肾小管中***丰富的蛋白质细胞。208个Glom富集区蛋白富含囊泡中间运输和细胞成分组织调节作为其**重要的生物学过程，细胞骨架蛋白结合和肌动蛋白结合是**重要的分子功能，肌动蛋白细胞骨架是**丰富的细胞成分。富含247个PT的蛋白质主要集中在小分子代谢过程和药物代谢过程中。在**重要的分子功能中，这些蛋白质的氧化还原酶活性和催化活性丰富。*在GLOM切片中发现的67种蛋白质中，有41种已被报导存在于肾脏中，在这41种蛋白质中，18种(43.9%)与单细胞蛋白组学结果一致，23种(56.1%)在GLOM中与小管相比没有增加。单细胞蛋白质组学，极微量样本检测。天津pulldown蛋白组学
蛋白组学问题解答知乎都做不到哦。江苏血清蛋白组学
为了更好地了解DON对C2C12细胞分化的影响，作者进行了转录组学和蛋白质组学的整合分析。共鉴定了149个共同的***差异基因（co-DEG），其中91%被共下调（图3A）。15%的co-DEG属于真核细胞骨架，其中大部分属于肌动蛋白丝，少数是中间丝和微管的成分。对co-DEG进行GO分析，生物学过程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗丝组装”和“快肌纤维收缩的正向调节”条目。细胞组分中富集的**个条目是“纤维蛋白原复合物”、“细胞外空间”、“细胞外基质”、“细胞外区域”和“蛋白质细胞外基质”，这些都是细胞外成分（图3B）。结果表明，DON主要影响肌肉成分的组成和功能以及多种细胞外成分的表达。通路富集分析富集到了“ECM-受体相互作用”、“蛋白质消化和吸收”、“人**瘤病毒***”和“粘着斑”等通路。江苏血清蛋白组学
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