通过磷酸化蛋白质组定量鉴定了1244个磷酸化蛋白质，其中474个（38%）在**组织中***增加，183个（15%）***下降。三种蛋白亚型中磷酸化蛋白组学的比较结果揭示了亚型特异性的活性激酶。进一步对差异改变的磷酸化位点的研究显示，在S-I中观察到参与黏附的底物升高和参与RNA转运的底物减少。而基于timsTOF Pro离子淌度4D蛋白质组技术，是对蛋白组学+磷酸化组学的双重升级，可实现快速采集、更高的灵敏度和特异性，**临床蛋白质组学在定性数量更多、定量更准确、位点鉴定更精确、样本需求量更低、检测周期更短等性能上***提升，从蛋白质表达和修饰双重角度更好地发挥发掘分子调控机制、发现疾病分子分型以及发掘生物标志物等多重作用。蛋白质组学-鹿明生物丨欧易生物。浙江蛋白组学差异
为了确定TMT AD蛋白网络模块是否也存在于其他的队列和大脑区域，使用 TMT标记定量蛋白质组学多个队列的所有组织，为每个队列生成蛋白质共表达网络，并评估了 AD 网络模块是否保留在每个队列和大脑区域中。发现几乎所有的 TMT AD 网络模块都保留在队列和大脑区域（图2b）。阿尔茨海默病(AD)是一种神经系统退行性疾病，其病因至今尚不清楚。本文从蛋白组学方向出发，建立蛋白共表达网络，综合转录组学结果，解析疾病相关的蛋白组学模块或能为AD提供可靠的生物标志物，并为治疗带来希望。浙江蛋白组学 中药扎根蛋白组学临床科研基础研究领域,多年项目服务经验。
作者进行了综合分析，将蛋白组学和代谢组学中的***生物标志物合并到通路分析中，并确定了半乳糖代谢、戊糖和葡萄糖醛酸盐相互转化、柠檬酸盐循环和**酸代谢这几种途径。然后结合蛋白质和代谢标志物来预测DKD状态。五种机器学习模型表明，组合模型提高了DKD预测的准确性和稳定性。图中展示了RF的结果。总的来说，组合多组学标志物模型是一种强有力的提高DKD诊断的方法。1.蛋白组学结果表明，α2-巨球蛋白、组织蛋白酶D和CD324可作为检测DKD进展的潜在生物标志物。2.代谢组学结果表明，半乳糖代谢和甘油脂代谢是DKD的主要代谢途径，此外甘油-3-半乳糖苷可作为预测DKD的**标志物。3.蛋白组学和代谢组学的组合可以提高预测和诊断DKD的准确性和稳定性。血清综合组学的生物标志物可用于DKD的预警和诊断。该研究为优化DKD的管理提供了数据资源。
TMT标记定量蛋白质组学研究案例：2021年12月威尔康奈尔医学中心和纪念斯隆凯特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授课题组在Nature Communications期刊发表的题为 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果，通过蛋白质组学和代谢组学研究方法，发现了高度转移性 SOX2/OCT4+ 细胞的离散亚群表现出细胞内铜水平升高特征，探究了TM 介导的复合物 IV 失活确定为 SOX2/OCT4+ 细胞群中的主要代谢缺陷，AMPK/mTORC1 能量传感器为重要的下游途径。描绘了铜-代谢-转移轴，为高风险三阴性乳腺*患者的下一代治疗方法提供了理论依据。中文标题：铜耗竭调节线粒体氧化磷酸化以损害三阴性乳腺*转移研究对象：高风险三阴性乳腺*(TNBC)发表期刊：NatureCommunications影响因子：14.919发表时间：2021年12月合作单位：纪念斯隆凯特琳**中心，Sandra和EdwardMeyer**中心运用关键生物技术：TMT标记定量蛋白质组学和靶向代谢组学蛋白组学常见研究模式 | 蛋白质组专题_鹿明生物。
蛋白质组学研究方法研究案例：2021年10月，中国科学院上海营养与健康研究所武爱波研究员课题组在Ecotoxicology and Environmental Safety发表了题为“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果，通过转录组学和蛋白质组学研究方法，探究了脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）对成肌细胞分化的影响，发现了DON处理使得细胞骨架蛋白和细胞外基质蛋白表达下调，并抑制ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信号通路的机理，为食品和饲料污染的防治提供了理论依据。蛋白组学问题解答知乎都做不到哦。山东蛋白组学的结果
蛋白质组与代谢组联合分析。浙江蛋白组学差异
iTRAQ标记定量蛋白组学研究方法：2021年4月，南京林业大学喻方圆教授（一作：吴岐奎）课题组在JournaloftheScienceofFoodandAgriculture期刊发表了题为“ProteomicanalysisofmetabolicmechanismsassociatedwithfattyacidbiosynthesisduringStyraxtonkinensiskerneldevelopment”的研究成果，通过转录组学+iTRAQ标记定量蛋白组学研究方法，分析东京野茉莉种子发育过程中脂肪酸生物合成相关基因的表达趋势，确定油脂积累的主要影响因子并构建其调控网络。为野茉莉属植物种子油用研究和后续功能分析研究提供了一定的研究基础。浙江蛋白组学差异
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