使用TMT标记定量蛋白质组学分析,与GFP-群体相比,在GFP+细胞中TM处理后,线粒体复合物IV的多个亚基被特异性下调,对下调的蛋白质进行基因本体 (GO)分析,显示参与线粒体电子传递链 (ETC) 的通路富集。同时作者还分析了从人 LM2 细胞系中分选的 LM2 GFP+和 GFP- 细胞,在 TM 处理 48 小时后蛋白组学分析,揭示了GFP+细胞优先富集,同时揭示了线粒体 ETC 相关的通路。因此,TM 处理特别影响具有更高细胞内铜水平的 SOX2/OCT4+ 细胞中的线粒体 ETC 通路。蛋白质组学分析确定了富含线粒体功能的途径。细胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一种线粒体金属酶,是线粒体ETC的终末酶。蛋白质组学技术简介及应用场景。上海蛋白组学常用的研究技术
蛋白质组学技术研究案例:作为一种常见的******,脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)在田间或加工和储存过程中会污染谷物和饲料。DON在动物中会引起厌食和生长迟缓在内的一系列不良反应。本文作者使用转录组学和蛋白质组学技术对鼠C2C12细胞进行了研究,分析DON对成肌细胞分化的影响。研究结果表明,DON通过下调细胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信号通路来影响成肌细胞的分化。本文研究体现了组学技术在机制研究中的重要作用。中文标题:霉菌***脱氧雪腐镰刀菌烯醇通过下调细胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信号通路影响成肌细胞分化研究对象:脱氧雪腐镰刀菌烯醇、C2C12细胞发表期刊:EcotoxicologyandEnvironmentalSafety影响因子:6.291发表时间:2021年10月发表单位:中国科学院上海营养与健康研究所运用生物技术:转录组学和蛋白质组学(由欧易/鹿明生物提供技术支持)、免疫荧光、免疫印迹、PCR浙江蛋白组学测序上海label free蛋白组学蛋白质组学原理。
4D蛋白组学:tims TOF Pro2依赖于双捕集离子淌度(TIMS)和同步累积连续碎裂(PASEF)数据采集模式两大创新技术,可实现快速采集、更高的灵敏度和特异性。同时,其配备了***一代双 TIMS 分析器,离子容量可提高三倍,比较大限度地提高了离子传输效率和灵敏度,让蛋白质组学分析再上一个新的台阶,鹿明生物同时配备了Evosep One高通量色谱使其在短梯度下也能实现蛋白深度覆盖,结果更精细,也成为转化组学应用不可或缺的工具。更高扫描速度:助力临床大队列项目研究,更高覆盖深度:助力蛋白组鉴定到更多的蛋白数量,超高灵敏度:助力微量样本蛋白组分析,鉴定更可信:助力蛋白或化合物更高可信度的鉴定。
定量蛋白质组学研究:2022年2月,上海市农业科学院食用菌研究所鲍大鹏研究员课题组在《FrontiersinMicrobiology》期刊发表的题为“OxidativeStressandAutophagyAreImportantProcessesinPostRipenessandBrownFilmFormationinMyceliumofLentinulaedodes”的研究成果,通过iTRAQ标记定量蛋白组学、GC-MS非靶向代谢组学等技术对香菇菌丝进行定量蛋白质组学和代谢组学分析,发现氧化应激和自噬是香菇菌丝后熟转色重要过程,并对其在蛋白质组和代谢组水平上的分子机制有了新的认识。涉及的欧易/鹿明生物服务产品:iTRAQ标记定量蛋白组学、GC-MS非靶向代谢组学4D-蛋白组+代谢组双平台知识干货带您。
作者进行了综合分析,将蛋白组学和代谢组学中的***生物标志物合并到通路分析中,并确定了半乳糖代谢、戊糖和葡萄糖醛酸盐相互转化、柠檬酸盐循环和**酸代谢这几种途径。然后结合蛋白质和代谢标志物来预测DKD状态。五种机器学习模型表明,组合模型提高了DKD预测的准确性和稳定性。图中展示了RF的结果。总的来说,组合多组学标志物模型是一种强有力的提高DKD诊断的方法。1.蛋白组学结果表明,α2-巨球蛋白、组织蛋白酶D和CD324可作为检测DKD进展的潜在生物标志物。2.代谢组学结果表明,半乳糖代谢和甘油脂代谢是DKD的主要代谢途径,此外甘油-3-半乳糖苷可作为预测DKD的**标志物。3.蛋白组学和代谢组学的组合可以提高预测和诊断DKD的准确性和稳定性。血清综合组学的生物标志物可用于DKD的预警和诊断。该研究为优化DKD的管理提供了数据资源。走近蛋白组学之蛋白组学常见问题答疑解惑。上海蛋白组学常用的研究技术
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采用TMT标记定量蛋白质组学技术对三个脱水特殊阶段(21、27和40DAP)的新鲜莲种胎进行了蛋白质组学分析,共鉴定了5,477个蛋白质。对测试样本进行了PCA分析,结果显示,不同组间样品具有很好的区分,每组的三个重复样本被聚集在一起。PCA的前两个成分占总方差的70%以上(图2A)。三个试验组之间共有815个差异表达蛋白。其中,198个(32%)和198个(26%)蛋白质丰度增加,而420个(68%)和558个(74%)蛋白质丰度在27DAP和40DAP组分别下降(图2B)。只有30个蛋白质的丰度在27DAP和40DAP组之间具有***变化(图2C)。上海蛋白组学常用的研究技术
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