解决空间转录组测序数据分析中由于超大数据量、超高的质控要求以及繁多分析需求而引起的分析困难，做到快速可定制化完成空间转录组分析；拥有行业先进的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的数字切片扫描仪，可以同时实现明场与荧光场下冷冻切片的快速扫描成像；Z-Stack多层聚焦扫描及Extended Focus 景深扩展多层融合扫描模式，进一步提升分辨率和清晰度，保证切片高分辨的数字图像信息精细采集；能够满足针对分析结果中感兴趣基因的RNA-FISH验证以及组织切片的免疫组化的高清成像，获取表达与定位信息。空间转录组测序机构，请认准上海烈冰生物科技。温州上海烈冰生物空间转录组测序服务烈冰提供...

空间组测序技术，作为现阶段单细胞技术的重要补充技术进入了组学的实验领域以及生物信息学的分析领域。通过单细胞测序（单细胞表达尺度）+空间转录组测序（空间表达尺度）+数字病理（临床诊断尺度）联合分析可在空间和时间上描述不断演变的组织生态系统，多角度深入分析组织的形态特征、基因组学特征、表观遗传调控因子以及样本中的免疫微环境。不同于单细胞测序分析的需求-分析-需求-分析的模式，空间转录组分析实际上是非常需要研究者和企业之间的互动的，尤其是对于组织切片的理解，一个在线互相交流空间转录组测序结果的系统也是空转分析中不可或缺的一环，也是重中之重。测序的革新让科学研究从个体基因差异逐渐转为个体细胞的基因差异...

已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大，或是存在有效测序深度不足等问题。10xGenomics公司提供的Visium空间基因表达解决方案是目前一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案可以轻松地将空间转录组学技术应用到组织切片和染色的标准方法中，从而研究空间分辨率下整个转录组mRNA的表达情况，同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。截至2021年10月，烈冰助力发表空间转录组测序文章近20篇。北京高通量测序空间转...

为同时获得空间表达和组织学背景信息，该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题，针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冻存组织样本一样利用完整mRNA具有的poly（dA）序列进行mRNA捕获。该方案采用针对编码基因的成对RNA模板连接探针（RTL）与mRNA杂交。左侧探针（LHS）具有部分Read 2序列，右侧探针（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探针与mRNA杂交后彼此连接，而mRNA被RNase降解。组织透化后，被连接的成...

烈冰配置了LEICA CM1950冷冻切片机，搭配切片经验丰富的实验团队，可以提供一致性更高、实验操作更精细的冷冻切片准备方案，保持密切高效的沟通，设计更适合的实验方案，确保每一个实验细节有效进行；烈冰升级配置尼康相差显微镜和CCD成像系统，更高清分辨率解析组织切片原始图像信息，10X,20X,40X,60X更多物镜选择，为不同大小的样本提供更清晰的图像，更精细的图像信息采集、拼接策略，为样本内微小区域的组织学提供更清晰的影像；烈冰空间转录组，多平台任意选择，随心组合，优化您的科学研究，助力探索新的科学视角。杭州烈冰生物空间转录组多组学测序已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq,LCM...

烈冰配置了LEICA CM1950冷冻切片机，搭配切片经验丰富的实验团队，可以提供一致性更高、实验操作更精细的冷冻切片准备方案，保持密切高效的沟通，设计更适合的实验方案，确保每一个实验细节有效进行；烈冰升级配置尼康相差显微镜和CCD成像系统，更高清分辨率解析组织切片原始图像信息，10X,20X,40X,60X更多物镜选择，为不同大小的样本提供更清晰的图像，更精细的图像信息采集、拼接策略，为样本内微小区域的组织学提供更清晰的影像；从样本处理到终端数据分析，只要您需要，烈冰提供全流程的无忧服务。杭州BD空间转录组测序服务空间转录组测序是在组织原位检测全转录组基因表达的⼀种技术，可以展⽰组织切⽚中不...

单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的科学突破。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空间转录组技术在进行单细胞转录组测序的同时保留并记录了细胞的空间位置信息。空间转录组技术能够揭示细胞间的相互作用以及细胞所处的微环境，将成为发育生物学、神经生物学、免疫生物学等领域的研究利器。烈冰测序数据分析平台，不依赖已有物种信息，可研究非模式物种，针对不同平台的数据，制定多套流程；青岛scRNA空间转录组商业...

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台，可实现零代码操作、简单方便：单细胞浏览器的操作简单，不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行，即使生信0基础用户也可以运用自如；可视化展示海量结果文件：可视化展示Cluster的基因数，UMI数量、线粒体RNA占比信息；以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等；3D立体展示，文章动图先人一步：单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示，更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。烈冰科技成立10余年，为科研学者提供专注的测序数据分析服务...

当组织冷冻切片附在带有spatialbarcode的空间转录组芯片上时，通过透化处理，细胞内的mRNA释放出来，从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获。被捕获的mRNA开始逆转录，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通过上机测序，可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的映射回组织切片中的原始位置。Visium空间转录组的重点在于芯片部分：正式文库构建的芯片上有4个捕获区域（6.5mmX6.5mm，可以检测4个样本）每个捕获区域含有约5000个被条形码标记的点（barcodedspots）每个spot直径55μm，每个spot能捕获1-10个细胞spot与spot中...

空间转录组测序的数据分析基本分为三个阶段：1.数据的预处理部分；2.Spot点阵的分群与定义；3.Spot分群的功能与生物学价值。每一个部分都不可或缺，其结果都对后续的分析结果有重要影响。由于空间转录组的序列结构与单细胞转录组测序的左端序列结构是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕获区域这样的设计。右端普遍为捕获的RNA序列。因此采用单细胞的原始数据过滤策略即可，左端可以考虑切下捕获区域前的序列区域作为后续分析用的序列以减少分析负荷。随后，采用10X官方的Spatialranger的策略进行后续分析，解析出位于空间位置中的有效的Spot表达矩阵。搭建多种测...

10XVisium的实验主要分为两部分：组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像，记录切片的形态学信息；组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息。具体实验流程如下：A、切片制备和优化：取新鲜组织、冷冻、切片，并进行HE染色成像，优化确定切片是否覆盖靶向区域。B、切片固定和透化：将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，并进行固定和透化，使细胞中的mRNA得到释放，并结合到相应的捕获探针上，从而获取基因表达信息。C、逆转和文库构建：以捕获的RNA为模板，进行cDNA合成，和测序文库制备。D、高通量上机测序：对制备...

空间转录组研究的的必耍性：研究单细胞是想要探究细胞间的异质性，但是常规的单细胞是将细胞解离成单细胞悬液，然后利用单细胞分离技术（微孔，微板，液滴）等方法实现单细胞建库，这里比较大的问题是是细胞失去了原本在组织的空间信息。然而这个空间信息在实际研究中是非常重要。特别是在研究细胞命运机制及细胞谱系发生空间位置的信息显得尤为重要，因此发展空问转录组技术实现细胞的位置信息的保留，对研究此类细胞状态尤为必要。烈冰科技成立10余年，为科研学者提供专注的测序数据分析服务。成都BD空间转录组多组学测序多样本数据合并：FractionofReadsKept：合并样本时，各样本根据MappedBarcodedRe...

烈冰提供空间转录组全流程服务，包括样本包埋、贴片、选片、HE染色、拍照成像、组织透化、建库测序以及后续的FISH验证等各个步骤，为您提供无忧服务。烈冰搭建了以莱卡CM1950冷冻切片机、尼康多荧光通路全自动扫描显微镜、3Dhistech-midi数字扫描仪为基础的先进实验平台，并制定严格规范的实验室SOP，经过大量的切片、贴片实操演练，对不同类型组织的切片厚度、温度进行优化，确保获得更好质量的冷冻切片。利用NovelBrain云分析平台，搭建0代码需求的空间转录组分析流程，准确快速解析空间转录组数据。取同一样本组织的相邻区域进行单细胞转录组测序，通过单细胞转录组数据和空间转录组数据的整合分析，...

烈冰科技作为国内同时拥有10XGenomics和BDRhapsody双分选平台的测序服务商及云计算服务供应商，经过多年实战，拥有丰富的单细胞悬液制备和分选经验，实测BDRhapsody对能够高效捕获粒细胞。针对不同的分选平台、建库方法，实战总结搭建出不同的数据预处理工作流程；烈冰科技NovelBrain®生物大数据平台能有效支撑生命科学研究、医疗健康等领域对大数据分析的需求。完备的高通量测序实验平台，包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC数字切片扫描仪等，配合一支来自海内外名校、多学科交叉型的高素质综合团队，为您的科学研究保驾护航。...

当前的技术主要有四种策略：1、基于组学实验结合空间重建的计算策略这种计算方法可以充分利用内在基因表达模式或共表达的趋势，从单个细胞的大量转录组数据中重构细胞间的环境。然而，这些推论方法在某些情况下只呈现空间趋势或特定组织的总体布局。2激光切割与NGS测序结合的策略基于LCM的转录组学或基因组学成功地获得了单个细胞的空间转录组，尽管其通量很低，但是在可以标记成千上万个单个细胞位買的多路复用条形码策路可行之前，将少量细胞的数据粗略地整合到构成组织的巨大背景中，可能具有一定价值。3、基于荧光物质原位的转录组学基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域，但也存在一些问题，例如几种smFISH方...

基因测序是基因检测的方法之一，其又叫基因谱测序，是国际上公认的一种基因检测标准。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变，一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定，被称为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)，足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。基因测序相关产品和技术已由实验室研究逐渐演变到临床应用，可以说，基因测序技术将是下一个改变世界的技术。空间转录组测序技术的迅速发展和应用推广，为从多维度揭示疾病进展提供了强有力的工具。成都烈冰空间转录组商业化服务空间...

烈冰科技作为国内同时拥有10XGenomics和BDRhapsody双分选平台的测序服务商及云计算服务供应商，经过多年实战，拥有丰富的单细胞悬液制备和分选经验，实测BDRhapsody对能够高效捕获粒细胞。针对不同的分选平台、建库方法，实战总结搭建出不同的数据预处理工作流程；烈冰科技NovelBrain®生物大数据平台能有效支撑生命科学研究、医疗健康等领域对大数据分析的需求。完备的高通量测序实验平台，包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC数字切片扫描仪等，配合一支来自海内外名校、多学科交叉型的高素质综合团队，为您的科学研究保驾护航。...

空间转录组技术流程：1、组织优化由于不同物种、组织来源的样本所需的比较好透化时间不尽相同，在正式开展空间转录组测序实验前，需要利用组织优化kit进行条件的摸索。组织优化芯片上包含8个捕获区域，每个区域均覆盖了荧光标记探针，可捕获mRNA形成带有荧光标签的cDNA，随即可通过荧光成像结果判定比较好透化时间及组织优化条件。2、空间转录组测序确定组织优化条件后，即可进行切片、H&E染色及成像、空间转录组文库构建及测序分析流程。烈冰空间转录组测序助您深入探究细胞类型特异性和基因调控网络特征。无锡空间转录组10x Genomics空间转录组测序技术通过将组织切片的高通量mRNA分析和形态学背景整合，使基...

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基因测序是基因检测的方法之一，其又叫基因谱测序，是国际上公认的一种基因检测标准。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变，一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定，被称为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)，足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)。基因测序相关产品和技术已由实验室研究逐渐演变到临床应用，可以说，基因测序技术将是下一个改变世界的技术。烈冰智造空间转录组细胞捕获，媲美国际主流的单细胞平台。无锡BD空间转录组商业化服务RNA测序（RNA-seq）是转...

空间组学可以应用的方向：1.可以鉴定到疾病的空间位置异质性：对于阿尔茨海默症的研宄可以探索到小神经质细胞趋向于阿尔茨海默神经班。 2．建立空间转录组图谱构建个人空间转录组图谱将极大提升科研人员对生物体组织间的细胞差异。3、描述胚胎发育及空间蓝區胚胎发育的动态过程是科研人员一直为之着迷的，空间组学发展可以清晣的描绘胚胎发育的蓝图。除了皮肤、胰腺和骨头组织外，其余样本类型均可开展10xGenomics空间转录组研究。10xGenomics公司已经测试完毕的组织类型有：人：心胜、肾胜、卵巢、乳房、淋巴结、大脑、大肠、肺、脾脏小鼠：大脑、眼睛、心胜、肾胜、大肠、肝脏、肺、卵巢，四头肌、小肠、脾胜、胃、...

烈冰生物真正实现空间转录组测序的全程把控，做到从实验设计、空间信息标记、建库测序、定制化分析的全流程一站式服务，助力高分文章发表；专业实验团队保证样本的高度一致性；专业的生物学团队提供个性化的产品应用场景解读、保持对生物学意义的关注；强大的生信分析团队一对一地进行详实科学的实验方案设计并提供多次售后分析；可接受样品类别为冰冻组织:新鲜样本经液氮预冷的异戊烷速冻，-80℃保存OCT包埋组织:新鲜组织异戊烷速冻后进行OCT包埋，或新鲜组织直接OCT包埋后-80℃速冻,注意标明样本方向，样本于-80℃保存样本处理和运输过程需要在低温环境烈冰智造空间转录组细胞捕获，媲美国际主流的单细胞平台。西安空间转...

基于桥式PCR技术的簇生成可以将模版链迅速扩增成千上万倍，保证过程中足够的测序深度。测序时使用特殊标记的dNTP：1）碱基上通过敏感键修饰上不同的荧光基团，用于区分ATCG；2）3端使用叠氮基团封闭，保证一次循环只上一个dNTP。每一轮循环结束时，会通过高速荧光显微镜记录荧光图像，再通入试剂除去荧光基团和叠氮基团，开启下一循环。通过分析读取同一位点的荧光，实时获取模版链的碱基序列。由于过程中使用的化学反应并不可控，随着循环数的增大会出现不同步的情况，因此Illumina的读长只能限制在200bp左右。自主研发PanoCell单细胞实验测序平台。广州烈冰科技空间转录组测序烈冰科技自主研发的单细胞...

烈冰科技于2010年诞生之初便立足于高通量测序行业，为科研学者提供专注的测序数据分析服务，先后经历基因芯片时代、基因测序、转录组测序时代...在科技日新月异的洪流中始终独占鳌头。2018年以来，烈冰依托自主研发的NovelBrain®生物大数据分析平台，为用户提供一站式全流程的空间转录组测序服务和解决方案。烈冰经过十几年的经历，已具备大鼠、小鼠、斑马鱼、猴、裸鼹鼠、水稻、拟南芥等10+物种，皮肤、脑、胰腺、脂肪、心脏、花序等50+组织类型，100+细胞类型，1000+靶标基因，10000+样本处理经验。烈冰全线实验平台满足超深度、大规模发现和复杂疾病研究的测序。无锡scRNA空间转录组商业化服...

单细胞测序是指针对单个细胞进行全转录组测序分析，可精确地描述每一个细胞的状态，在异质性发育过程中具有不可忽视的应用价值。然而，单细胞测序无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息，对于揭示发育过程、病理微环境都存在很大的局限性。空间转录组测序以点阵形式记录病理切片细胞的空间信息并进行测序，可以精确指示点阵内的全部基因表达情况。空间转录组测序的加入，无疑让单细胞测序如虎添翼，更精确地勾勒了组织水平的异质性。基因测序相关产品和技术已由实验室研究逐渐演变到临床应用，是下一个改变世界的技术。合肥烈冰生物空间转录组技术支持烈冰生物已空间转录组测序服务提供从一个组织切片样本中获取包括空间信息在内的全部转录组...

空间转录组测序的关键就在于，解决了空间位置保留的问题。被放置在芯片区域内的冰冻组织切片在经过H&E染色和成像记录后，会被进行透化处理，释放细胞中的RNA。芯片上的捕获引物的中段设置了带有独特标识的条形码区域。芯片被划分为了数个不同的捕获区域，每个捕获区域中锚定的引物都带有不同的条形码序列。每个区域对应的组织位置会被记录下来，然后再进行测序后，通过条形码将不同区域的测序结果，映射到对应的组织位置上，拼贴形成组织样品的空间转录组图像。附加流式分选细胞表面Marker，对于较低分辨率的标志物也能有效鉴定，助力高要求测序项目。苏州烈冰生物空间转录组测序服务公司为同时获得空间表达和组织学背景信息，该方案...

解决空间转录组测序数据分析中由于超大数据量、超高的质控要求以及繁多分析需求而引起的分析困难，做到快速可定制化完成空间转录组分析；拥有行业先进的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的数字切片扫描仪，可以同时实现明场与荧光场下冷冻切片的快速扫描成像；Z-Stack多层聚焦扫描及Extended Focus 景深扩展多层融合扫描模式，进一步提升分辨率和清晰度，保证切片高分辨的数字图像信息精细采集；能够满足针对分析结果中感兴趣基因的RNA-FISH验证以及组织切片的免疫组化的高清成像，获取表达与定位信息。丰富的测序和数据分析经验，烈冰配套全程个性化、定制化地数据分析服务。厦门空间转录组测序...

转录组分析指对细胞内所有转录产物的分析。转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。FFPE空间转录组技术原理 为同时获得空间表达和组织学背景信息,该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。烈冰生物成立于2010年，专注于空间转录组测序领域科研服务。烈冰...

空间转录组技术流程：1、组织优化由于不同物种、组织来源的样本所需的比较好透化时间不尽相同，在正式开展空间转录组测序实验前，需要利用组织优化kit进行条件的摸索。组织优化芯片上包含8个捕获区域，每个区域均覆盖了荧光标记探针，可捕获mRNA形成带有荧光标签的cDNA，随即可通过荧光成像结果判定比较好透化时间及组织优化条件。2、空间转录组测序确定组织优化条件后，即可进行切片、H&E染色及成像、空间转录组文库构建及测序分析流程。空间转录组测序技术提供了空间转录组水平下的科学研究视角。宁波上海烈冰生物空间转录组技术支持已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MER...

其实，空间转录组的概念早就已经存在了，目前已经发表的空间转录组技术有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。但是这些方法存在操作复杂、检测精度不准确、基因和细胞检测量的限制等问题。10xGenomics公司升级spatialTranscriptomic后推出的Visium空间基因表达解决方案是一款商业化的高精度、高通量空间转录组测序方案。烈冰科技自2020年起，国内率先搭建空间转录组测序服务平台，联合上线单细胞核转录组测序、AbSeq、单细胞TCR-Seq、单细胞ATAC-Seq(...