济南烈冰科技空间转录组数据分析可视化

空间转录组测序的数据分析基本分为三个阶段：1.数据的预处理部分；2.Spot点阵的分群与定义；3.Spot分群的功能与生物学价值。每一个部分都不可或缺，其结果都对后续的分析结果有重要影响。由于空间转录组的序列结构与单细胞转录组测序的左端序列结构是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕获区域这样的设计。右端普遍为捕获的RNA序列。因此采用单细胞的原始数据过滤策略即可，左端可以考虑切下捕获区域前的序列区域作为后续分析用的序列以减少分析负荷。随后，采用10X官方的Spatialranger的策略进行后续分析，解析出位于空间位置中的有效的Spot表达矩阵。搭建多种测序数据的生物信息分析平台，5000+项目检验，真实可信赖。济南烈冰科技空间转录组数据分析可视化

空间组测序技术，作为现阶段单细胞技术的重要补充技术进入了组学的实验领域以及生物信息学的分析领域。通过单细胞测序（单细胞表达尺度）+空间转录组测序（空间表达尺度）+数字病理（临床诊断尺度）联合分析可在空间和时间上描述不断演变的组织生态系统，多角度深入分析组织的形态特征、基因组学特征、表观遗传调控因子以及样本中的免疫微环境。不同于单细胞测序分析的需求-分析-需求-分析的模式，空间转录组分析实际上是非常需要研究者和企业之间的互动的，尤其是对于组织切片的理解，一个在线互相交流空间转录组测序结果的系统也是空转分析中不可或缺的一环，也是重中之重。重庆烈冰空间转录组多组学测序测序的革新让科学研究从个体基因差异逐渐转为个体细胞的基因差异。

空间转录组测序在病理学中，通过添加基因表达维度，得出形态学结论，通过观察基因表达区域，了解可能发生假阴性/假阳性的位置; 在免疫学，研究免疫细胞浸润、不同区域的免疫细胞中的基因表达特征；免疫群体扩散、不同类型免疫细胞的空间位置解析； 在神经科学，研究大脑皮层层状组织解析，揭示大脑皮层的结构-功能关系，正常vs.疾病大脑结构特征分析与疾病相关的基因表达于特定的大脑皮层； 在发育生物学，通过解析每个发育阶段不同解剖区域特有的基因表达特征，解析组织中与形态形成相关基因；丰富基因表达的空间注释信息，创建组织发育的空间细胞图谱。

多样本数据合并：FractionofReadsKept：合并样本时，各样本根据MappedBarcodedReadsperCell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大，需要进行Downsample处理，以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平，从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据，深入解读数据分析结果，深入挖掘其背后的生物学意义；从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究，加速科研进程！烈冰测序数据分析平台，不依赖已有物种信息，可研究非模式物种，针对不同平台的数据，制定多套流程；

空间转录组测序的关键就在于，解决了空间位置保留的问题。被放置在芯片区域内的冰冻组织切片在经过H&E染色和成像记录后，会被进行透化处理，释放细胞中的RNA。芯片上的捕获引物的中段设置了带有独特标识的条形码区域。芯片被划分为了数个不同的捕获区域，每个捕获区域中锚定的引物都带有不同的条形码序列。每个区域对应的组织位置会被记录下来，然后再进行测序后，通过条形码将不同区域的测序结果，映射到对应的组织位置上，拼贴形成组织样品的空间转录组图像。烈冰专精空间转录组测序领域。合肥空间转录组技术支持

空间转录组测序因其强大的探究疾病--细胞--基因的关系，一度成为高通量测序技术的“天花板”。济南烈冰科技空间转录组数据分析可视化

当组织冷冻切片附在带有spatialbarcode的空间转录组芯片上时，通过透化处理，细胞内的mRNA释放出来，从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获。被捕获的mRNA开始逆转录，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通过上机测序，可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的映射回组织切片中的原始位置。Visium空间转录组的重点在于芯片部分：正式文库构建的芯片上有4个捕获区域（6.5mmX6.5mm，可以检测4个样本）每个捕获区域含有约5000个被条形码标记的点（barcodedspots）每个spot直径55μm，每个spot能捕获1-10个细胞spot与spot中心点之间的距离为100μm每个spot含有上百万个可以与mRNA结合的捕获探针，每个探针上都带有独特的spatialbarcodes，用以标记捕获的mRNA的空间位置。济南烈冰科技空间转录组数据分析可视化

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