在制曲过程中，预防杂菌污染可从多方面入手。
首先，原料处理环节要把控好。选择质量、无霉变且干净的原料，比如质量小麦等，在使用前充分晾晒，去除原料表面可能携带的杂菌及水分，降低杂菌滋生的可能性。同时对原料进行筛选，去除杂质、石子等异物，使原料处于良好状态进入制曲流程。
其次，制曲环境的清洁与消毒十分关键。制曲房要定期清扫，***灰尘、残留的曲料等容易藏污纳垢之处，然后采用合适的消毒方式，像用紫外线照射、喷洒消毒剂（符合食品安全要求的）等对空间进行***消毒杀菌，打造相对无菌的制曲空间。并且制曲所用的工具，如铲子、模具等也要进行严格消毒，防止交叉污染。
再者，控制制曲的温度、湿度和通风条件。不同阶段按照既定的工艺要求精细调节这些参数，因为适宜的温度、湿度范围是筛选有益微生物、抑制杂菌生长的重要手段。例如高温大曲制作时，在前期升温阶段要稳步提升温度，让耐高温的有益微生物优先生长繁殖，而多数杂菌难以在这样的高温环境下存活，通风良好则有助于调节环境湿度，排出多余水汽，避免湿度过高利于杂菌滋生的情况出现。
另外，人员操作的规范性也不容忽视。参与制曲的工作人员需穿戴干净的工作服、工作帽、口罩等，做好个人卫生防护，进入制曲房前要经过消毒、清洁步骤，避免将外界杂菌带入制曲环境中，严格按照标准的制曲操作流程进行原料搅拌、成型等各项操作，减少因人为失误导致杂菌污染的风险。
