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空间转录组基本参数
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  • NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoC
  • 服务项目
  • 科研(临床)检测服务
空间转录组企业商机

在发育过程或疾病发生过程中,组织内部的不同细胞经历了复杂的生物学过程,因此,组织内部的异质性研究是目前揭示重要生物学研究的一个重要研究手段。组织内部的异质性包括细胞类型的异质性和空间位置的异质性两个层面,细胞类型异质性可由单细胞测序来完美呈现,而空间位置的异质性,则需要可高通量地检测全转录组空间信息的新型研究方法来解决。烈冰生物真正实现空间转录组测序的全程把控,做到从实验设计、空间信息标记、建库测序、定制化分析的全流程一站式服务,助力高分文章发表。从样本处理到终端数据分析,只要您需要,烈冰提供全流程的无忧服务。宁波BD Rhapsody空间转录组多组学测序

所谓的高通量测序技术,又名大规模平行测序,是将DNA(或者cDNA)随机片段化、加接头,制备测序文库,通过对文库中数以万计的克隆(colony)进行延伸反应,检测对应的信号并获取序列信息。与传统测序法相比,高通量测序技术在处理大规模样品时具有强大的优势,又快(两天)又多(数百万克隆),成为目前组学研究的主要技术。空间转录组测序是一个系统的工程,开展项目前您可能会先评估它提供的见解是否与您的研究问题相匹配,如果匹配,实验过程如何规划,实验平台如何选择,样本如何制备,数据如何分析等等,而在这一切开始之前,我们的服务就已经开始了,从销售到实验到专业技术支持,我们开通全线对接渠道,帮助您快速定位项目诉求,提供从实验设计到文章发表的全流程,我们始终是您贴心的科学合作伙伴。无锡BD Rhapsody空间转录组测序价格基因测序相关产品和技术已由实验室研究逐渐演变到临床应用,是下一个改变世界的技术。

基于桥式PCR技术的簇生成可以将模版链迅速扩增成千上万倍,保证过程中足够的测序深度。测序时使用特殊标记的dNTP:1)碱基上通过敏感键修饰上不同的荧光基团,用于区分ATCG;2)3端使用叠氮基团封闭,保证一次循环只上一个dNTP。每一轮循环结束时,会通过高速荧光显微镜记录荧光图像,再通入试剂除去荧光基团和叠氮基团,开启下一循环。通过分析读取同一位点的荧光,实时获取模版链的碱基序列。由于过程中使用的化学反应并不可控,随着循环数的增大会出现不同步的情况,因此Illumina的读长只能限制在200bp左右。

空间转录组测序的关键就在于,解决了空间位置保留的问题。被放置在芯片区域内的冰冻组织切片在经过H&E染色和成像记录后,会被进行透化处理,释放细胞中的RNA。芯片上的捕获引物的中段设置了带有独特标识的条形码区域。芯片被划分为了数个不同的捕获区域,每个捕获区域中锚定的引物都带有不同的条形码序列。每个区域对应的组织位置会被记录下来,然后再进行测序后,通过条形码将不同区域的测序结果,映射到对应的组织位置上,拼贴形成组织样品的空间转录组图像。空间转录组测序因其强大的探究疾病--细胞--基因的关系,一度成为高通量测序技术的“天花板”。

机体为响应各种应激,其细胞会从一种功能“状态”转变为另一种功能“状态”;当细胞在不同状态之间转变时,往往会经历转录重组,导致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“唤醒”,但纯化这些瞬态细胞进行研究是很困难或不可能的;scRNA-seq拟时序分析可以让我们在不需要纯化的情况下查看这些细胞状态。拟时序分析,即根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况,构建细胞谱系发育,但这里的时间并不是真时间,而是一个虚拟的时间,是指的细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。即使在同一个样本中,也会存在多种不同的细胞形态。因此,不论测定了多少样本,我们都可以采用拟时序分析对样本中的细胞转化和变化进行描述。经验丰富的实验团队,为获得示组织内真实表达水平的高质量冷冻切片提供硬件和技术保障。厦门上海烈冰生物空间转录组测序服务

烈冰测序服务已助力300余篇国际主流期刊研究文章发表。宁波BD Rhapsody空间转录组多组学测序

空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是指在组织切片上完成,保留样本空间信息的组学研究。空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况,揭示精细病理区域中激发的信号通路,完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组学完成了病理数字化结合病理影像化的技术革新,对于诊断标志物、耐药位点以及靶向药物的研发,免疫治等新兴领域都具有重要作用。当组织冷冻切片附在带有spatialbarcode的空间转录组芯片上时,通过透化处理,细胞内的mRNA释放出来,从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获。被捕获的mRNA开始逆转录,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通过上机测序,可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的映射回组织切片中的原始位置。宁波BD Rhapsody空间转录组多组学测序

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