深圳BD空间转录组平台

为同时获得空间表达和组织学背景信息，该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。由于FFPE样本通常存在RNA高度降解的问题，针对FFPE样本的Visium空间基因表达解决方案无法像新鲜冻存组织样本一样利用完整mRNA具有的poly（dA）序列进行mRNA捕获。该方案采用针对编码基因的成对RNA模板连接探针（RTL）与mRNA杂交。左侧探针（LHS）具有部分Read 2序列，右侧探针（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探针与mRNA杂交后彼此连接，而mRNA被RNase降解。组织透化后，被连接的成对探针与芯片上包含空间Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕获，并且空间Barcode和UMI序列被延伸到成对探针序列上。携带空间Barcode的探针序列用于进行测序文库构建和测序。测序序列上的空间Barcode用于将测序序列定位到组织切片图像上，UMI用于基因表达定量。空间转录组测序，上海烈冰生物科技很靠谱。深圳BD空间转录组平台

10xGenomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm，包含5000个被条形码标记的点（barcodedspots），每个点的直径为55μm，点和点之间中心的距离为100μm，并且每个点都有一个barcode序列。组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列，然后进行文库构建并进行测序。根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。深圳烈冰生物空间转录组测序服务公司基因测序相关产品和技术已由实验室研究逐渐演变到临床应用，是下一个改变世界的技术。

单细胞测序是指针对单个细胞进行全转录组测序分析，可精确地描述每一个细胞的状态，在异质性发育过程中具有不可忽视的应用价值。然而，单细胞测序无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息，对于揭示发育过程、病理微环境都存在很大的局限性。空间转录组测序以点阵形式记录病理切片细胞的空间信息并进行测序，可以精确指示点阵内的全部基因表达情况。空间转录组测序的加入，无疑让单细胞测序如虎添翼，更精确地勾勒了组织水平的异质性。

空间转录组研究的的必耍性：研究单细胞是想要探究细胞间的异质性，但是常规的单细胞是将细胞解离成单细胞悬液，然后利用单细胞分离技术（微孔，微板，液滴）等方法实现单细胞建库，这里比较大的问题是是细胞失去了原本在组织的空间信息。然而这个空间信息在实际研究中是非常重要。特别是在研究细胞命运机制及细胞谱系发生空间位置的信息显得尤为重要，因此发展空问转录组技术实现细胞的位置信息的保留，对研究此类细胞状态尤为必要。烈冰测序数据分析平台，不依赖已有物种信息，可研究非模式物种，针对不同平台的数据，制定多套流程；

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台，针对庞大的单细胞测序数据，能够实现细胞类型鉴定的快、精、准：一键导入genelist构建个性化基因列表；轻松一点即可展示Marker基因的Featureplot；任意修改Cluster的颜色和名称助力高效鉴定细胞类型；一键获得t-SNE图、Heatmap和Violin图：轻松获得并下载基因表达的t-SNE图、Heatmap、Violin图，还可以通过调节宽、高和系数比例来调节美观。平台上线300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板，帮助烈冰生信分析团队和自主分析用户实现分析工具和模板的快速调用和一站式全流程自动化分析，节省您的工作时间并提升整体工作效率。自主研发PanoCell单细胞实验测序平台。无锡烈冰科技空间转录组技术支持

个性化制定测序项目方面，满足从检测基因到蛋白的多组学测序要求。深圳BD空间转录组平台

空间转录组测序的数据质量和玻片有效区域的利用率、贴片的质量和透化时间息息相关。贴片质量不良会影响总的有效spot数等；而透化不合理会导致spot的reads数、基因中位数等参数。而在特异性基因表达方面，我们也可以统计空间转录组群体的特异性基因表达即Markergene，将他们在组织切片以及空转上进行着色。我们也可以对于任意一个已知的基因或者数据库中的一些细胞Marker，然后将其在基因表达在空间转录组的切片以及HE染色上展示自己的基因表达进而了解，群体中的可能的细胞组成关系。深圳BD空间转录组平台

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