上海代谢组学-方法与应用

非靶向代谢组学研究:利用番茄的自然变异确定番茄复合体中果实多酚的途径结构和代谢调控ExploitingNaturalVariationinTomatotoDefinePathwayStructureandMetabolicRegulationofFruitPolyphenolicsintheLycopersicumComplex研究对象：番茄组织发表期刊：MolecularPlant影响因子：13.164组学技术：LC-MS靶向代谢组学、GC-MS非靶代谢组(双平台代谢组学),本研究通过表征构成八种不同番茄多酚代谢网络的潜在生物合成和修饰反应，阐明了八种番茄复合体多酚生物合成的整个生物合成框架，并对相关代谢物和结构基因进行了详细注释，并运用LC-MS/GC-MS双平台代谢组学方法为辅助育种提供帮助。此外，番茄果实成熟过程中的代谢变化为今后基于遗传的代谢工程设计提供了研究方向，并为研究其他重要植物物种中特定的代谢物的功能提供了理论依据。代谢组学,代谢组数据库,代谢组分析,利用非靶检测寻找差异代谢物。上海代谢组学-方法与应用

非靶代谢组学研究：2022年03月,欧易/鹿明生物合作客户重庆医科大学附属第二医院消化内科周智航团队在International Journal of Biological Sciences期刊发表的题为 “Enhanced pentose phosphate pathway activity promotes pancreatic ductal adenocarcinoma progression via activating YAP/MMP1 axis under chronic acidosis”的研究成果，通过采用非靶代谢组学和基因表达芯片，发现了适应酸性微环境的胰腺导管腺* (PDAC)细胞具有更强的转移和增殖能力。

代谢组学显示适应酸性微环境的 PDAC 细胞中葡萄糖增加、糖酵解减少，而转录组学发现适应酸性微环境细胞中的差异表达基因主要为细胞外基质修饰和 Hippo 信号传导相关基因。MMP1 在在适应酸性微环境细胞中上调**为明显，实验验证了其由 YAP/TAZ 通路介导，而被 AMPK抑制。该研究确认了代谢重编程通过AMPK/ YAP /MMP1轴促进适应酸性微环境的 PDAC 细胞的增殖和转移。 北京活性污泥微生物代谢组学代谢组学数据分析教程 代谢组学一般测几个样。

微生物16S rRNA测序+代谢组学研究：标题：EphB6缺陷小鼠的肠道菌群通过介导维生素B6动态平衡调节孤独症行为期刊：MicrobiomeIF=14.650研究思路：*样本类型：小鼠粪便、脑组织*检测平台：LC-MS非靶向代谢组、16S微生物多样性检测自闭症谱系障碍（ASD）是一种发育障碍，目前对孤独症的**症状的有效***很有限。ASD患者临床研究证据表明，肠道菌群与ASD发展之间存在联系，但肠道菌群与ASD的脑功能障碍（肠脑轴）联系机制尚未完全阐明。在肠道稳态起着重要作用的EphB6基因（位于7q号染色体，属于受体酪氨酸激酶Eph家族），因基因突变和在ASD患者中表达下调，被认为是ASD的候选基因。但尚不清楚EphB6在调节肠道菌群和ASD发生的作用机制。本研究中作者发现EphB6在功能上与ASD相关，并通过肠道菌群介导的维生素B6和多巴胺，调节患者自闭症样行为。作者建立了EphB6缺陷小鼠肠道菌群失调与内侧前额叶皮层（mPFC）（关键的肠脑功能轴）的兴奋/抑制失衡之间的功能联系。

GC-MS非靶向代谢组学研究：不同分子量聚乙烯颗粒改变了玉米根际土壤微生物群落组成和代谢谱AlterationsoftherhizospheresoilmicrobialcommunitycompositionandmetaboliteprofilesofZeamaysbypolyethylene-particlesofdifferentmolecularweights研究对象：聚乙烯颗粒、玉米、根际土壤发表期刊：JournalofHazardousMaterials影响因子：10.588组学技术：GC-MS非靶向代谢组学和16SrRNA测序(由欧易/鹿明生物提供技术支持)；这项研究的重点是确定不同分子量的PE颗粒干扰玉米生长和根际微环境的机制。本文运用非靶向代谢组学，微生物16SrRNA测序等方法研究的结果证实，不同分子量的PE颗粒对土壤-植物系统有不利影响。不同分子量的PE颗粒在形状和表面微观结构上存在明显差异。土壤蔗糖酶和过氧化物酶对不同分子量的PE颗粒有***响应。代谢组学研究技术与应用、代谢组学数据库。

高通量代谢组学研究,中文标题：高通量代谢组学方法发现***羊藿提取物对骨质疏松症影响的代谢生物标志物及途径发表期刊：Frontiersinpharmacology影响因子：5.810发表时间：2020年8月发表单位：南昌大学***附属医院运用组学技术：超高效液相色谱法结合四极杆飞行时间质谱法技术（UPLC-Q-TOF/MS）代谢组学。本研究采用UPLC-Q-TOF/MS代谢组学对OP模型中的大鼠和不同剂量Ext-epi处理的大鼠进行分析，从大鼠血清代谢组学和标志物相关代谢途径中揭示了46种潜在生物。不同剂量组的Ext-epi对16种潜在的生物标志物具有***的逆转作用，涉及三种主要的代谢途径，其中ZL-IL的***效果相对稳定，组间聚类比较明显，该剂量可被视为进一步研究的更好剂量。本研究从代谢组学水平评估了Ext-epi对OP的预防和***效果，为开发Ext-epi***OP提供了依据，也为开发OP***提取物提供了参考。代谢组学——寻找代谢物与生理病理变化的相对关系研究方式。上海代谢组学 细菌

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GC-MS非靶向代谢组学等研究方法：2021年10月，广东石油化工大学环境科学与工程学院孙建腾教授课题组在《Chemosphere》期刊发表的题为“Metabolomic analysis and oxidative stress response reveals the toxicity in Escherichia coli induced by organophosphate flame retardants tris (2-chloroethyl) phosphate and triphenyl phosphate”的研究成果，通过GC-MS非靶向代谢组学等研究方法，发现包括糖酵解/糖异生、磷酸戊糖代谢、嘌呤代谢、谷胱甘肽代谢、胺素代谢，丙氨酸和天冬氨酸等代谢途径被破坏。大多数差异表达的代谢物被下调，表明有机磷阻燃剂对代谢功能和关键代谢途径有抑制作用。本研究揭示了生物中有机磷阻燃剂对环境产生的风险提供了新的见解。上海代谢组学-方法与应用

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