Beclin 1敲低的神经元细胞中, Aβ、全长APP以及APP的C端片段均大量堆积, 并伴随自噬小体转化能力降低。Aβ除了作为自噬的底物以外, 本身可诱导自噬活化, 并抑制mTOR活性。因此, 正常生理条件下细胞内Aβ活化自噬促进自身降解, 形成一个负反馈平衡调节机制。然而病理条件下细胞内大量堆积的Aβ将破坏溶酶体系统, 使溶酶体通透性增加, 并影响自噬小体成熟。事实上, 还有实验证据表明自噬参与了Aβ的产生。免疫染色和亚细胞组分分析表明, Aβ肽、β-CTF (C-terminal fragment of APP) 以及γ-分泌酶都大量存在于自噬小体中, γ-分泌酶能在自噬体中将β-CTF加工为Aβ肽, 尤其是毒性更强的Aβ42。自噬即细胞“吃掉自己”的过程，是一种细胞自我降解和循环利用胞内组分的过程。成都GFP-LC3单荧光自噬慢病毒包装
对抗关系中，自噬与凋亡的目标及过程背道而驰。自噬并不引发细胞死亡，相反促进细胞存活。内质网应激中，自噬通过消化蛋白聚集物和错误折叠蛋白维护内质网功能，限制了内质网应激反应诱发的细胞凋亡。在细胞能量危机的时候，自噬还通过消化细胞器和蛋白质等大分子为细胞提供能量和营养，延长细胞寿命。因而在成年小鼠的饥饿期、乳鼠出生后的喂养适应期以及营养剥夺的细胞中，均显示出自噬为细胞存活所必需。在细胞遭受代谢应激、药物调整和放射性损伤时，自噬也是维护基因完整性的重要机制。因此，在乳腺病、前列腺病及结肠病细胞中阻止自噬，能够提高病变细胞对放化疗的敏感性。线粒体自噬是自噬的一种，它能通过清理去极化线粒体减少活性氧簇，达到细胞保护的目的。线粒体自噬甚至可通过减少线粒体外膜通透化和减少细胞色素C和SMAC/DIABLO等线粒体促凋亡蛋白的释放阻止凋亡发生。大自噬，也就是通常说的自噬，是真核细胞蛋白降解的途径之一。河南GFP-LC3单荧光自噬在细胞能量危机的时候，自噬还通过消化细胞器和蛋白质等大分子为细胞提供能量和营养，延长细胞寿命。
生理条件下，PINK1前体在内质网中合成后，凭借N端的线粒体定位序列被线粒体外膜转运酶识别并转入线粒体基质。当PINK1进入线粒体基质后，其N端信号肽被降解为成熟的PINK1，成熟的PINK1进入线粒体基质后被蛋白酶体识别清chu，从而维持基础水平。而线粒体受损时，线粒体膜电位发生变化，线粒体外膜去极化，阻碍PINK1进入线粒体，同时对PINK1的降解能力下降。因此，有活性的PINK1可以稳定聚集在线粒体外膜蛋白上，从而募集并激huoParkin，使其磷酸化。磷酸化的Parkin可以泛素化线粒体受体蛋白，后者泛素化后可与自噬受体调节蛋白等结合，形成泛素化的线粒体，从而激huo泛素相关的蛋白酶体途径，实现线粒体降解。
免疫逃逸是指瘤逃避了机体免疫系统的识别和攻击，在机体生存并增殖的状况，免疫检查点蛋白失调是免疫逃逸的主要机制之一。现研究较多的免疫检查点主要有程序性死亡蛋白1及其配体以及细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4。研究发现PD-1可抑制自噬途径，并促进肝病发生，可能机制是与mTOR下游分子核糖体蛋白分子S6(RPS6)和真核起始因子4E结合，促进其磷酸化，经此途径调节自噬，联合PD-1抗体和mTOR抑制剂可以产生比各自单独更强的抗肝病效应。PD-1和PD-L1结合后可阻断T淋巴细胞增殖、活化和产生细胞因子，因此阻断该途径可破坏瘤的免疫逃逸。其中PD-1抗体nivolumab治理肝病已完成Ⅰ、Ⅱ期试验，证明了该药物的有效性、安全性可控，基于此已被美国食品与药品管理局列为肝病的二线用药；另一抗体pembrolizumab现处于肝病治理的Ⅲ期试验。现用于肝病治理的PD-L1抗体主要有Avelumab、At-ezolizumab和Durvalumab，均处于Ⅰ期或Ⅱ期试验。自噬在心肌缺血再灌注过程不同阶段发挥着不同的作用。
大自噬，也就是通常说的自噬，是真核细胞蛋白降解的途径之一。自噬可以被描述为细胞质内的成分（细胞器、蛋白等）被双层膜的囊泡包裹，形成自噬体，进而传递到溶酶体进行降解的过程。详细来说，自噬过程与内涵体途径密不可分。一方面，自噬体能够与晚期内体融合形成中间囊泡较终形成自噬溶酶体；另一方面，自噬体能够直接与溶酶体融合形成自噬溶酶体。无论通过哪条途径，自噬溶酶体较终通过酸性水解酶将细胞器、蛋白等消化分解。细胞本底水平的自噬发生在营养充足的条件下，可保护细胞免受错误折叠蛋白或受损细胞器的影响，从而防止某些疾病的发生（如神经退行性疾病和病症）。饥饿等也可诱导自噬的发生，通过降解大分子物质和细胞器为细胞活动提供营养和能量。自噬性溶酶体是一种自体吞噬泡,作用底物是内源性的,即细胞内的蜕变、破损的某些细胞器或局部细胞质。白藜芦醇可诱导HUVEC细胞自噬，发挥对心血管系统的保护作用。北京自噬LC3
对神经退行性疾病来说, 活化自噬更多要考虑的是在适当的时间和适当的组织活化自噬流。成都GFP-LC3单荧光自噬慢病毒包装
自噬过程的调控：自噬这一过程一旦启动，必须在度过危机后适时停止，否则，其非特异性捕获胞浆成分的特性将导致细胞发生不可逆的损伤。这也提醒我们在研究自噬时一定要动态观察，任何横断面的研究结果都不足以评价自噬的活性。目前，已经报告了许多因素能诱导细胞发生自噬，如饥饿、生长因子缺乏、微生物传染、细胞器损伤、蛋白质折叠错误或聚集、DNA损伤、放疗、化疗等等，这么多刺激信号如何传递的、哪些自噬蛋白接受信号、又有哪些自噬蛋白去执行等许多问题都还在等待进一步解答中。关于传递自噬信号的通路目前比较肯定的有：阻止类ClassIPI3Kpathway（PI-phosphatidylinositol，磷脂酰肌醇）与IRS(Insulinreceptorsubstrate)结合，接受胰岛素受体传来的信号（血糖水平高阻止自噬）。成都GFP-LC3单荧光自噬慢病毒包装
