南京10X Chromium X单细胞测序数据分析

针对单细胞测序的细胞数量判断环节：主要是对细胞数量、基因表达量、测序质量进行整体描述。过滤标准：由于细胞破碎后游离RNA会释放到环境或孔中，并且测序中也会存在一些死细胞，导致数据存在background值。因此，我们需要设定一定的标准来过滤掉假细胞或死细胞。以10×Genomics为例，细胞数量判断主要通过分析UMICounts-Barcode曲线斜率拐点，当存在多个斜率拐点的时候，结合预期UMI=500时的细胞数量进行过滤。当斜率拐点低于UMI=500的时候，选择UMI=500作为细胞的判断的标准；否则，选择和预期细胞数量接近的拐点作为细胞判断的位置。这样我们能够有效获得真实的并且在基因数量上可以分析的数据。烈冰单细胞测序，助力您的深入科学探究。南京10X Chromium X单细胞测序数据分析

10X Genomics单细胞转录组测序是利用单细胞水平上的高通量测序分析基因表达谱的技术，也是目前国内和国际上公认的单细胞测序大规模实验平台技术，该平台基于动态微流控原理，突破传统高通量测序的局限性，组织解离后，单个样本一次上机能捕获500-20000个细胞， 基于每个细胞分别建库测序，获得单个细胞的基因结构和基因表达状态，并鉴定细胞的类型，可以在不同样本间从细胞类型的组成和丰度角度进行比较，反映细胞间的异质性，提供足够灵活的定制测定法以满足多种实验需要，并有效缩短实验是时间和降低测序成本。西安二代测序单细胞测序技术支持高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变，一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定。

基于10XGeomics动态微流控技术，利用Tn5转座酶酶切开放染色质，形成短片段，单细胞ATAC测序在表观基因组学水平上，揭示单细胞染色质的可及性问题，区分细胞异质性，获得开放染色质的位置、转录因子的结合位点、核小体的调控区域和染色质状态等信息，是单细胞表观遗传学的重要突破：分析每个细胞数千个独特的染色质开放区域，识别细胞类型和细胞状态；识别重要的转录因子，进行谱系和发育追踪；探究驱动细胞类型和状态之间基因表达差异的非编码序列；探究细胞类型特异性和基因调控网络特征等。是当前重要的多组学研究基因表达和表观遗传学的手段。

样本制备后的保存为了尽可能地减少转录组的变化，在对细胞进行清洗和计数后，单细胞悬液应当保存于冰上，直至用于后续的上机和文库制备步骤。在理想状况下，一旦制备好样本，应当在3min钟内将其用于下游步骤。然而，您还有必要了解各类细胞的不同性质，因为这可能会影响细胞应在冰上保存的时间，以及它们在制备后多久便应当被尽快使用。例如，有些细胞（如PBMC）如果在冰上放置一段时间，它们就开始形成团块。这些团块很难解离，增加了堵塞的风险，而且每个团块被当成单细胞计数，又降低了细胞计数的准确性。此外，有些细胞更加粘稠，形成团块的速度更快。对于这些细胞，必须尽量减少制备和使用之间的时间差单细胞测序因其强大的探究疾病--细胞--基因的关系，一度成为高通量测序技术的“天花板”。

单细胞获得困难，不同组织要求不尽相同难以搞定？烈冰2000+项目消化经验，100+组织类型解离protocol，精心设计不同组织实验的解离、细胞悬浮实验体系，确保单细胞的获得。冻存样本无法实验，珍贵样本无法使用？烈冰采用国际认可的冻存组织复苏技术以及死细胞过滤技术，确保冻存组织使用。珍贵样本，细胞数量太少，消化背景杂无法做单细胞？采用国际认可的10XGenomics，BDRhapsody双平台模式，根据样本实际情况和用户需求提供客观有效的实验方案,细胞量少，背景杂也能做单细胞。单细胞RNA分类精度不足，部分细胞无法细分？烈冰同时采用单细胞蛋白质组与单细胞转录组测序技术，真正做到从上游到下游的全流程检测，确保超高的细胞分类精度。单细胞科联合空间转录组，展示组织切片中不同区域的基因表达情况，揭示精细病理区域中“唤醒”的信号通路。济南单细胞测序数据分析可视化

丰富的测序和数据分析经验，烈冰配套全程个性化、定制化地数据分析服务。南京10X Chromium X单细胞测序数据分析

从单细胞测序描述性分析转向复杂样本中不同细胞类型的功能解析，越来越需要一种多组学的细胞生物学视角。通过单细胞多组学——即对不同组学的数据集进行分析和整合——科学家能够从同一个单细胞来源中检测多种细胞特征。这些特征包括全转录组基因表达、细胞表面蛋白表达、免疫组库序列（包括T细胞和B细胞受体）以及用于了解表观基因组调控的开放染色质区域。随着单个实验可提供更多信息丰富的数据，研究人员的获益更多，包括保留珍贵样本、提高生产力、减少因批次效应引起的错误，并节省更多的高科技资源（从资助基金到人员时间）。南京10X Chromium X单细胞测序数据分析

上海烈冰生物医药科技有限公司是一家生物科技、医药科技、信息科技、计算机科技领域内的技术开发、技术服务、技术转让、技术咨询，市场营销策划，市场信息咨询与调查（不得从事社会调查、社会调研、民意调查、民意测验），从事货物及技术的进出口业务，计算机、软件及耗材（除专控），软件开发【依法须经批准的项目，经相关部门批准后方可开展经营活动】的公司，致力于发展为创新务实、诚实可信的企业。烈冰生物作为医药健康的企业之一，为客户提供良好的单细胞测序，生物大数据云分析平台，空间转录组测序，单细胞多组学测序。烈冰生物致力于把技术上的创新展现成对用户产品上的贴心，为用户带来良好体验。烈冰生物始终关注自身，在风云变化的时代，对自身的建设毫不懈怠，高度的专注与执着使烈冰生物在行业的从容而自信。