肝病中瘤免疫与自噬的关系尚未完全明确。研究表明，缺乏自噬的肝脏Kupffer细胞可以通过mtROS-NF-κB-IL-1a/b通路促进肝硬化和肝病发展。自噬缺陷协同脂质堆积可造成肝内CD4+T淋巴细胞耗竭。细胞自噬还被证实可被诱导增强TGFβ介导的抗瘤作用，IFNγ可通过非凋亡性细胞死亡抑制Huh7肝病细胞增殖，敲除自噬后，IFNγ抑制肝病细胞增殖和诱导肝病细胞死亡的作用消失。研究表明自噬可通过抑制抑病基因的表达或活化原病基因促进肝病发生。在ATG5敲除的小鼠模型中，由于自噬缺陷，抑病基因p53表达增加，小鼠只发生肝良性瘤而不恶变。这进一步提示，自噬在肝病发生中的作用及机制非常复杂，可能受到诸多因素调控，但其重要性则毋庸置疑，仍需更多的研究探索其机制。自噬能够明显抑制造血干细胞的代谢，能够清理线粒体堆积，保持自我的再生能力。河南GFP-LC3单荧光自噬慢病毒
药物分子的自噬促进作用可以是其调整某种疾病的功效所在，例如雷帕霉素在调整克罗恩病等场合进入临床应用，其功能可能有一部分是通过促进自噬来实现的。但另一方面，由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。例如，依维莫司和索拉菲尼作为新型抗病药，其化疗效果主要是通过阻止mTOR来阻止病变细胞过于活跃的代谢，但阻止mTOR导致的自噬上调会抵消一部分该药物的杀伤力。又例如，表皮生长因子受体（EGFR）阻止剂，如厄洛替尼（Erotinib），是一类新型靶向抗病药物，但阻止EGFR也可诱导自噬上调，从而导致病变出现耐药。河南GFP-LC3单荧光自噬慢病毒由于自噬体膜形成过程中需要LC3，因此通过标记LC3可以识别自噬体。
凋亡相关caspase家族蛋白可与自噬相关蛋白互相影响。caspase-3通过剪切灭活Beclin-1阻止自噬促发凋亡。研究发现凋亡死亡受体通路中DISC可在自噬体膜上组装，应用蛋白酶阻止剂如硼替佐米或溶酶体阻止剂氯喹阻止自噬，会增进DISC形成进一步唤醒caspase-8寡聚化诱导凋亡。T细胞研究中发现caspase-8调控着自噬，caspase-8缺陷或Fas死亡结构域相关蛋白(Fas-associateddeathdomain,FADD)缺陷的T细胞其自噬功能被上调。Furuya等发现Beclin-1可通过提高caspase-9活性而增强凋亡诱导剂诱发的细胞凋亡。
自噬方面，P53通过转录依赖和非依赖机制发挥调节作用。P53转录唤醒AMPK和结节性硬化复合物1/2(tuberoussclerosiscomplex1/2,TSC1/TSC2)而阻止mTOR诱导自噬；核内P53还可转录唤醒损伤调节自噬调节子(damageregulatedautophagymodulator,DRAM)，提高自噬；另一方面，胞质P53与高迁移率盒蛋白1(highmobilitygroupboxchromosomalprotein1,HMGB1)形成复合物协调自噬水平，靶向敲除胞质P53基因会提高HMGB1表达诱导自噬，而敲除HMGB1则提高胞质P53表达水平阻止自噬。此外还有报道自噬蛋白ATG7能够直接调节P53表达。在神经退行性疾病中NO产生增多, 抑制自噬小体形成。
当自噬体与溶酶体融合后，形成自噬溶酶体。自噬性溶酶体是一种自体吞噬泡,作用底物是内源性的,即细胞内的蜕变、破损的某些细胞器或局部细胞质。这种溶酶体普遍存在于正常的细胞内，在细胞内起“清道夫”作用，作为细胞内细胞器和其它结构自然减员和更新的正常途径。在组织细胞受到各种理化因素伤害时，自噬性溶酶体大量增加的，因此对细胞的损伤起一种保护作用。自噬性溶酶体的作用底物是内源性的，即来自细胞内的衰老和崩解的细胞器或局部细胞质等。它们由单层膜包围，内部常含有尚未分解的内质网、线粒体和高尔基复合体或脂类、糖原等。正常细胞中的自噬性溶酶体在消化、分解、自然更替一些细胞内的结构上起着重要作用。当细胞受到药物作用、射线照射和机械损伤时，其数量明显地增多。在病变的细胞中也常可见到自噬性溶酶体。在用GFP-LC3B慢病毒感染细胞后，在非自噬的情况下，荧光显微镜下GFP-LC3B以弥散的形式存在于细胞质中；河南GFP-LC3单荧光自噬慢病毒
自噬还参与五没食子酰葡萄糖抗疱疹病毒I型病毒作用，机制可能与抑制mTOR通路相关。河南GFP-LC3单荧光自噬慢病毒
生理条件下，PINK1前体在内质网中合成后，凭借N端的线粒体定位序列被线粒体外膜转运酶识别并转入线粒体基质。当PINK1进入线粒体基质后，其N端信号肽被降解为成熟的PINK1，成熟的PINK1进入线粒体基质后被蛋白酶体识别清chu，从而维持基础水平。而线粒体受损时，线粒体膜电位发生变化，线粒体外膜去极化，阻碍PINK1进入线粒体，同时对PINK1的降解能力下降。因此，有活性的PINK1可以稳定聚集在线粒体外膜蛋白上，从而募集并激huoParkin，使其磷酸化。磷酸化的Parkin可以泛素化线粒体受体蛋白，后者泛素化后可与自噬受体调节蛋白等结合，形成泛素化的线粒体，从而激huo泛素相关的蛋白酶体途径，实现线粒体降解。河南GFP-LC3单荧光自噬慢病毒
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