药物分子的自噬促进作用可以是其调整某种疾病的功效所在，例如雷帕霉素在调整克罗恩病等场合进入临床应用，其功能可能有一部分是通过促进自噬来实现的。但另一方面，由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。例如，依维莫司和索拉菲尼作为新型抗病药，其化疗效果主要是通过阻止mTOR来阻止病变细胞过于活跃的代谢，但阻止mTOR导致的自噬上调会抵消一部分该药物的杀伤力。又例如，表皮生长因子受体（EGFR）阻止剂，如厄洛替尼（Erotinib），是一类新型靶向抗病药物，但阻止EGFR也可诱导自噬上调，从而导致病变出现耐药。针对这一问题，已有临床试验将依维莫司/索拉菲尼/厄洛替尼与自噬阻止剂联用，以达到较大化药效的目的。发生传染时，可通过自噬调控炎症、抗原及微生物捕捉与降解。上海细胞自噬透射电镜
目前认为，自噬体的膜不是直接来源于高尔基体或内质网，而是在胞浆中重新生成的，但具体的机制尚不清楚。当beclin-1被活化后，胞浆中先形成比较多个membranesource（自噬体膜发生中心），在它们不断扩展的过程中，VMP1蛋白由内质网和高尔基体转位到自噬体膜上（VMP1又叫TMEM49，已知唯独与自噬有关的跨膜蛋白），同时，MAP1-LC3由胞浆型（即LC3-I）转位到自噬体膜（即LC3-II），LC3这一转变过程可被WesternBlot和荧光显微镜检测到，现已成为监测自噬体形成的推荐方法。UA可引导粒线体的自噬作用，并防止有功能障碍粒线体的累积。在囓齿动物理，UA可经由粒线体引发增进运动能力，这些新的发现建议UA在增进粒线体和肌肉功能方面有医药潜力。山东自噬Atg5目前已有多份研究表明自噬在许多细胞的分化进程中被不同程度地唤醒。
在心力衰竭早期，线粒体自噬往往被抑制，此时如果适当提高线粒体自噬水平，可以延缓心力衰竭的进展;而在心力衰竭晚期，线粒体自噬往往被过度激huo，导致心肌细胞功能障碍，心力衰竭加重，此时应适当抑制线粒体自噬水平。Milonas等研究发现，心力衰竭患者的心肌细胞中Beclin-1和LC3表达增加，而随着心脏负荷减轻，Beclin-1和LC3表达亦随之降低，提示线粒体自噬与心力衰竭有关。Givvimani等在构建压力负荷诱导的心力衰竭模型的实验中发现，随着线粒体自噬水平异常增强，细胞凋亡也异常增加。
LC3活化并插入吞噬泡膜：LC3（在酵母中为Atg8）是一种微管相关蛋白，平时以全长形式普遍分布于细胞质中。当自噬信号出现时，LC3的C端氨基酸先被Atg4移除，然后被Atg7活化，成为LC3-I。在Atg3的介导下，LC3-I较终在上文中提到的Atg5-Atg12-Atg16L复合物催化下，连接上一个磷脂酰乙醇胺分子，使其可以插入吞噬泡膜中，成为铆定的的LC3-II。LC3-II在促进吞噬泡与待降解细胞器的膜融合，以及识别待降解细胞器中扮演了重要的角色。由于LC3-II的形成是依赖活化信号的，所以荧光标识的LC3已被普遍用作自噬小体形成的生物标记。需要注意的是，在哺乳动物中，LC3有三种亚型（LC3A,LC3B,LC3C），但只有LC3B-II与吞噬泡增加有关，故而宜使用anti-LC3B抗体标记LC3。另外，从前有人认为，LC3-II和LC3-I的比例可以作为衡量自噬活跃程度的指标，但现在普遍认为，只需测定LC3-II的表达即可反映自噬活跃程度。自噬并不引发细胞死亡，相反促进细胞存活。
一旦瘤发生后，细胞自噬则转为促进肝病发展的作用。首先可能与自噬维持细胞内稳态、提供营养物质有关，这成为肝病发展的一大促进条件。瘤细胞代谢高，且多处于低氧低pH环境，而细胞自噬使瘤细胞在饥饿、应激反应状况下通过降解各种受损细胞器、异常蛋白质得以存活。研究表明在低氧环境下，50%~60%的瘤细胞中自噬活动明显增多。一项针对156例肝病患者的研究证实LC3-Ⅱ的自噬表达水平随着肝病病程延长而增加，且与恶性转移和低生存率呈正相关。其次自噬还可通过提高肝病细胞的化疗抗性等促进瘤发展，如自噬基因Beclin1或ATG5缺失时，索拉非尼的杀伤瘤细胞能力更强，且抗瘤增殖能力也提高。还有研究表明，乌司他丁可抑制肝病细胞SMMC-7721自噬，从而减弱表柔比星治理肝病时的化疗抵抗。槲皮素、汉黄芩苷等可诱导细胞自噬，而β-细辛醚、丹酚酸B、人参皂苷Rg1则具有抑制细胞自噬的作用。青岛细胞自噬电镜检测
吴茱萸碱可能通过诱导Ca2+内流，激huoJNK通路诱导自噬。上海细胞自噬透射电镜
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