自噬参与调节多种心血管疾病, 包括心肌病、缺血性心脏疾病、心衰以及心肌的缺血再灌注损伤等。自噬在心肌病中可能发挥了有益的保护作用。结蛋白是心脏主要的中间丝蛋白, 结蛋白基因外显子8上的错义突变 (Ile451Met) 会导致原发性扩张型心肌病。在结蛋白相关小鼠心肌病模型中的研究发现, 自噬活化能增强心肌细胞对毒性环境的适应能力, 包括降低间质纤维化、改善心室功能、降低心脏肥厚、减少细胞中蛋白堆积等, 从而提高小鼠生存率。研究小组的工作也证明, 阻断Toll样受体4导致自噬抑制, 加剧阿霉素诱导的心肌病发生、发展。通过透射电子显微镜发现自噬体一直是观察自噬现象的“金标准”。双荧光自噬慢病毒
生理条件下，FUNDC1的Tyr18和Ser13分别被肉瘤基因家族的酪氨酸激酶和肌酸激酶2磷酸化，抑制其与LC3-Ⅱ和Atg10的相互作用，从而抑制线粒体自噬，维持线粒体稳态。当缺氧或线粒体解偶联时，Tyr18、Ser13去磷酸化，Ser17磷酸化，促进FUNDC1与LC3-Ⅱ相互作用，启动线粒体自噬。缺氧条件下，酪氨酸激酶失活，Tyr18和FUNDC1去磷酸化，FUNDC1与LC3-Ⅱ相互作用增强而促进线粒体自噬;同时，由于酪氨酸激酶能够抑制unc-51样激酶1与线粒体的结合，当酪氨酸激酶失活，unc-51样激酶1激酶可以磷酸化Ser17，促进其与LC3的作用，进而促进线粒体自噬。江西自噬流自噬影响调节性T淋巴细胞、抗原递呈细胞等免疫细胞的发育生长及主要组织相容性复合物抗原递呈过程。
在自噬过程中，通过压力诱导自噬后，细胞质物质被自噬体的双膜结构隔离。这些自噬体与溶酶体融合，成为自溶体，一些被隔离的货物被降解，然后回收以维持细胞内稳态。在我们的生命中，细胞会因为氧化应激（长期使用和经久不修，会出现老化，失灵的现象，一般情况下，细胞可能会凋亡）而积累损伤，慢慢变老。随着年龄的增长，这种压力会逐渐增加，逐渐削弱细胞活力，使细胞效率降低。而自噬可以清理掉磨损的细胞，并进行更换，从而使细胞衰老的时间延长。
肝病预后差，目前治理手段有限及临床疗效不佳也是主要原因，免疫治理研究的明显进展为寻找肝病新的治理手段指明了方向。瘤免疫治理主要包括免疫检查点抑制剂治理、过继免疫细胞治理和瘤疫苗等。多项研究表明自噬不只影响调节性T淋巴细胞、抗原递呈细胞、瘤相关巨噬细胞等免疫细胞的发育生长及主要组织相容性复合物抗原递呈过程，还可影响细胞因子的产生、趋化作用等。鉴于自噬在肝病发生的发展过程和机体免疫中的重要作用，研究自噬的作用机制可能为肝病免疫治理找到新的靶点。而在自噬的情况下，荧光显微镜下GFP-LC3B则聚集在自噬体膜上，以斑点的形式表现出来(LC3B dots or punctae)。
HCV相关肝病发生的发展过程中，细胞自噬的作用较为复杂，其促进肝病的机制可能与促进病毒复制及扩散有关，此外还与增加肝病细胞对化疗药物抵抗能力相关。研究表明，自噬形成的双层膜结构可能为HCV翻译提供了场所和原料。HCV非结构蛋白4B(NS4B)与Vps34、Ras相关蛋白5(Rab5,一种小GTP酶家族的成员)结合形成复合物，正向调控自噬发生，但抑制自噬前体形成及自噬溶酶体降解，导致异常蛋白质降解能力减弱，自噬降解能力减弱可导致HCV复制增加，肝细胞内病毒堆积，细胞内脂质堆积，进而肝细胞脂肪变性增加，肝细胞坏死、病变可能增加。自噬信号通路受到严密调控，在基础水平上起到重要管家作用，可使细胞在多种应力条件下继续存活。双荧光自噬慢病毒
自噬可以为细胞的再生和修复提供原料，实现细胞内物质的循环利用。双荧光自噬慢病毒
自噬的功能：(1)饥饿应答时的作用,在不同的如肝脏或在培养细胞中,氨基酸的匮乏会诱导细胞产生自体吞噬,由自体吞噬分解大分子,产生在分解代谢和合成代谢过程中所必须的中间代谢物。(2)在细胞正常活动中的作用,如在动物的非正常发育、老化和分化过程中,自体吞噬负责降解正常的蛋白以重新组建细胞。尽管通常人们认为自体吞噬不具有选择性,但是在某些病理和压力条件下,通过自体吞噬能选择性地隔离某些细胞器,如线粒体、过氧化物酶体等。(3)在某些组织中的特定功能,如黑质的塞梅林神经节中,多巴胺能神经元中的神经黑色素的合成就需要把细胞质中的多巴胺醌用AV包被隔离起来。双荧光自噬慢病毒
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