三代测序简介1、HelicoBioScience2008年4月,HelicoBioScience报道了单分子测序技术,读取单分子荧光的能力,是***家商业化单分子测序技术的公司,但仪器过于较贵,数据质量较差,于2010年停止运营。2、PacificBiosciences单分子实时技术(singlemoleculerealtime,SMRT)利用单分子技术和DNA聚合酶,在聚合反应的同时就可以读取测序产物,在测序速度、读长和成本方面有着巨大的优势和潜力,但目前读取速度偏低。以对单分子DNA进行非PCR测序为主要特征(二代测序平台基于PCR扩增的信号放大过程),长读长,实时,单分子等,但三代测序基于单分子酶学或者单分子电学,信号容易丢失,通量不高,单碱基的测序成本也居高不下。目前主要有RSII和sequel两款测序仪。3、纳米孔测序OxfordNanopore:纳米孔测序的原理可以简单地描述为:单个碱基通过纳米尺度的通道时,会引起通道电学性质的变化。理论上,A、C、G、T四种不同的碱基由于化学性质的差异,它们穿越纳米孔时引起的电学参数变化量也有差异,检测这些变化量,即可得到相应碱基的类型。 迈杰转化医学严格按照IS013485标准规定建立质量体系。上海多靶点迈杰转化医学NGS平台创新服务
01FGFR简介及信号通路成纤维细胞生长因子受体(FGFR)是高度保守、***分布的跨膜酪氨酸激酶受体,包括FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4四种受体亚型。成纤维细胞生长因子(FGF)与FGFR结合时,受体二聚化,从而引起受体激酶结构域的细胞内磷酸化、细胞内信号传导和基因转录的级联反应[1]。由FGFR***的信号转导通路包括RAS–RAF–MAPK,PI3K–AKT,STAT和PLC途径,它们参与调控多种生物学过程,如***发育、血管新生、细胞增殖、迁移、抗凋亡等(图1)。图1FGFR信号通路[2-4]当FGFR发生突变或者过表达时,会引起四个关键的下游信号通路的过度***,并进一步诱发正常细胞*变:RAS-RAF-MAPK和PI3K-AKT过度***可分别刺激细胞增殖与分化及抑制细胞凋亡;SATA与促进**侵袭和转移,****逃逸能力密切相关;PLCγ信号通路则是**细胞转移调控的重要途径。 黑龙江专业迈杰转化医学NGS平台口碑推荐迈杰转化医学设有病原体检测平台Qiastat-Dx进行呼吸道及胃肠道病原体检测。
细胞鉴定:表面标志物鉴定(流式细胞术),分化能力鉴定(间充质干细胞成骨分化、间充质干细胞成脂分化、间充质干细胞成软骨分化),核型分析;细胞转染:慢病毒、腺相关病毒、腺病毒、质粒、microRNA、lncRNA等转染服务;免疫学分析:免疫细胞化学、免疫荧光、激光共聚焦、westernblot、Co-IP、ELISA等;分子技术:qPCR、PCR、***定量PCR等。关键词:人骨髓间充质干细胞、人脐带间充质干细胞、人脐带血间充质干细胞、人羊膜间充质干细胞、人胎盘间充质干细胞、人脂肪间充质干细胞、大鼠骨髓间充质干细胞、大鼠脂肪间充质干细胞、小鼠骨髓间充质干细胞、小鼠脂肪间充质干细胞、兔骨髓间充质干细胞、犬骨髓间充质干细胞、犬脂肪间充质干细胞、猪骨髓间充质干细胞、细胞培养、原代细胞弗元生物,中国自己的生物品牌。
thermofisherscientific)等。研究发现,基于pcr-ce分型时,相同片段长度的等位基因中存在重复区域序列结构不一致的情况。二代测序技术(secondgenerationsequencing,sgs)又称为下一代测序技术(nextgenerationsequencing,ngs),具有测序通量高、速度快的优点。ngs不仅能从长度多态性上对str基因座进行分析,还能从序列上发掘str基因座的遗传多态性。随着ngs测序成本越来越低、测序读长逐渐的增加,ngs对str分型技术也越来越成熟。近年来,ngs技术已经应用于法医学str分型研究。相比于pcr-ce分型,ngs技术在y-str基因座的分析中具有很多优势:1、样本输入量低,使得微量样本及降解样本检材的分型研究变为可能;2、准确性高,能够全部覆盖基因座的每个碱基并通过产出高测序深度保证y-str基因座各等位基因的高概率精确判断的严谨性;3、能够获得y-str等位基因间的核苷酸差异信息,由于**重复结构存在差异或扩增区段内存在变异(侧翼序列的碱基突变或插入缺失),序列长度相等的等位基因可能是具有遗传稳定性的完全不同的等位基因,这种y-str序列多态性是个体识别分析的宝贵资源;4、成本低,通过对每个样本检材添加标签一次可以同时对多个样本进行平行测序。 迈杰转化医学与全球品牌药企广f泛展开伴随诊断产品的开发合作,已有多个诊断产品上市。
PacBio技术的优缺点PacBio技术的优点:无需PCR扩增,不会人为的引入突变;超长读长,平均读长可达到10Kb,**长读长可以达到40Kb;覆盖均匀,无GC偏好性;通过reads的自我矫正,10X以上准确率能够达到;可以直接检测到甲基化信息,同步进行表观遗传学识别。PacBio技术的缺点:单条序列错误率较高,平均核苷酸准确性不到85%;测序成本较贵。PacBio技术的应用基因组组装利用PacBio测序平台,可以克服部分序列GC含量高或重复序列多等问题,更好的进行基因组详细描绘,从而进行精细的基因注释等研究。PacBio测序平台不需要进行PCR扩增,因此可以减少基因组组装过程中的人为错误和偏差。PacBio测序平台读长较长,因此相比二代测序拼接结果更为准确,同时可以利用其长片段来填补二代数据组装中产生的gap和连接contig为scaffold。全长转录组测序利用PacBio测序平台读长较长的特点,进行转录组测序可以直接得到转录本的全长序列,省去了二代测序的拼接过程,使得过程更为简便,结果更为准确。 MSH2抗体试剂 苏苏械备20180568号.山西标准迈杰转化医学NGS平台共同合作
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panFGFxpanel的优势在于:针对性强——panel“小而精”,集中研究FGFR及上下游信号通路关键基因;应用性广——panel小,成本低;搭配酶切建库法、快速杂交法,缩短TAT;灵活性强——探针可实现物理上模块区分,随时满足伴随诊断产品开发需求。➤➤方案3:IHC法检测FGF-19过表达当前针对肝*及乳腺*的FGFR4抑制剂开发速度很快,多个药物进入临床II期的研究。FGFR4-FGF19信号通路在肝细胞*(HCC)的发***展过程中发挥重要的作用。有研究显示,在骨骼肌中过表达FGF19的转基因小鼠在其生命早期会发生多发性HCC,而其他组织则不会受到影响,初步推断FGF19通过***FGFR4增加肝细胞增殖而诱导肝*(图6)。
图6高表达FGF19-FGFR4靶向晚期肝*[10]FGFR4高选择性抑制剂在FGF-19过表达的HCC荷瘤小鼠病理模型上呈现了***的抗**药效。FGF-19扩增和过表达有望成为FGFR4选择性抑制剂***HCC的重要生物标志物。迈杰转化医学的病理平台已经建立并系统验证了FGF-19IHC检测方法,迄今已为国内众多创新药企的临床研究提供了检测支持服务(图7)。 上海多靶点迈杰转化医学NGS平台创新服务
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