在环保工业领域，发酵工程技术也展示出广阔的应用前景。数据显示，我国每年由于固体废弃物造成的经济损失累计约80亿元，而这些废弃物中有大量的有机物，利用微生物发酵技术可以对废弃物进行无害化、资源化、减量化处理，变废为宝。比如有机废物经堆肥化处理后能变成优良的土壤改良剂和质量肥料。还有针对食品加工产生的废水，利用酵母循环系统可有效处理，处理后产生的污泥也可作为饲料或肥料而加以利用。相比细菌的活性污泥法，酵母循环系统处理能力是细菌法的5至7倍，能高效地利用资源。生物发酵技术是通过工业大规模生产出产品或直接把微生物应用于产品终端。黑龙江微生物发酵菌
微生物发酵的优势是可以生产各类不同的成分，即既能生物合成氨基酸、有机酸、黄酮、多酚等易吸收的小分子，也能制造多糖、多肽或蛋白等具有重要功效的大分子。而且，很多表面活性剂、防腐剂等成分也逐步采用发酵技术来制备。此外，在中、日、韩等具有中医药文化底蕴的国家，通过微生物发酵中药材或草本植物生产的化妆品在行业内也有较大的影响力。随着发酵护肤品在不同国家的**，通过生物发酵技术生产的护肤品势必进一步得到重视和发展。海南菌发酵品牌菌种分离：根据生产要求和菌种特征性采用各种不同的筛选方法从众多的杂菌种分离出所需的性能良好的纯种。
目前，在发酵工业上氧的利用率是很低的。在发酵方面，被微生物利用的氧不超过空气含氧量的2％。在谷氨酸发酵方面，氧的利用率为10％~30％。就是说，有大量的经过净化处理的无菌空气被浪费掉。因此，提高供氧效率，就能较大的降低空气消耗量，减少动力消耗，且减少染菌机会，减少泡沫形成，提高设备利用率。
一般情况下，对于一个稳定的发酵工艺下，如果总是在固定的发酵时间段出现溶菌现象，而且能排除噬菌体和染菌的可能性后，那就可能是因为碳氮比不合理造成的。可以适当调整碳氮比。
麻省理工的一位化学工程师Dave Whitlock提出，益生菌是有利于人体健康与皮肤健康的微生物，较常见的益生菌有乳酸杆菌、酵母菌和双歧杆菌等。化妆品行业规定，有活性、有一定数量的益生菌可直接作用于皮肤，但限制在这个标准之内，同时达到较好的功效，存在很大的技术难度，应用的范围并不是很广。于是，微生态护肤常见的两种解决方案，一是以益生元（糖类等有利于维持微生物活性的成分）作为化妆品原料添加，二是采用生物发酵技术，将微生物代谢产品作为化妆品成分。在这两者之间，生物发酵技术以无防腐剂、无化工添加剂、无香精、无稀释等特点，成为一大趋势，备受业内专业人士的关注。生物催化剂：指传统发酵所利用的微生物外，还包括现在生物技术所利用的动植物细胞或细胞中的酶。
在制药领域，通过微生物发酵生产的药物有氨基酸、核酸、酶及部分多肽等。根据不同的发酵菌种，可将微生物发酵制药分为好氧发酵、厌氧发酵和兼性厌氧发酵三类。根据使用的不同发酵工具，微生物发酵又可分为密闭发酵、敞口发酵、浅盘发酵及深层发酵等。其中深层发酵的技术门槛较高，需要专业的培养液，富含利于细菌发酵所需的营养物质和原料。深层发酵的优点是便于实现机械化操作及大规模发酵生产，青霉素的生产就曾借助于深层发酵技术。此外，合适的培养基也是取得良好转化产物的必要条件。人工培养基包括固体培养基、液体培养基、半固体培养基、脱水培养基这四种。灵芝与当归共同发酵的产物灵归菌质，发酵时间越长，抑菌效果越好。江苏活性发酵推荐
大孔吸附树脂具有选择性好，吸附容量大，机械强度高，再生处理方便，吸附速度快，解析容易等优点。黑龙江微生物发酵菌
这些微生物菌种具有以下特性：
乳酸菌产生有机酸，如乳酸、乙酸、丙酸、甲酸等抑制病原微生物。
芽孢杆菌产生抗某菌物质如抗某菌肽抑制病原微生物。
有益微生物粘附占位，竞争排除，防止病原微生物定植。
刺激免疫反应，增加免疫系统活力；
产生各种消化酶，如蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶、和糖苷酶，提高饲料利用率；
减少毒胺的产生。
乳酸菌：是一群在厌氧环境下能产生大量酶、双氧水、有机酸、细菌素等抑制病原菌克隆和定值，维持肠道微生态平衡和正常生理功能的革兰氏阳性细菌。 黑龙江微生物发酵菌
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