细胞经诱导或阻止后，需对自噬过程进行观察和检测，常用的策略和技术有：观察自噬体的形成。由于自噬体属于亚细胞结构，普通光镜下看不到，因此，直接观察自噬体需在透射电镜下。Phagophore的特征为：新月状或杯状，双层或多层膜，有包绕胞浆成分的趋势。自噬体（AV1）的特征为：双层或多层膜的液泡状结构，内含胞浆成分，如线粒体、内质网、核糖体等。自噬溶酶体（AV2）的特征为：单层膜，胞浆成分已降解。我们在显微镜成像后红绿荧光merge后通过merge后出现的黄色斑点即只是自噬体.红色的斑点指示自噬溶酶体,通过不同颜色斑点的计数可以清晰的看出自噬流的强弱。在缺血、缺氧的心肌细胞中，NIX/Bnip3大量表达，从而激huo线粒体自噬。河南western blot检测自噬
选择性自噬是真核生物体内清理蛋白、受损细胞器和外源微生物的基础生理过程。而蛋白的翻译后修饰，特别是泛素化修饰能够作为选择性自噬中的底物识别的重要信号。崔隽教授课题组发现选择性自噬参与调控非经典NF-kB信号通路的重要过程。选择性自噬中的货物受体p62通过识别p52/p100的N端上的K63泛素化链进而促使p52/p100发生自噬降解，阻止非经典NF-kB信号通路。有趣的是，已有报道认为p100C端的K48泛素化链是蛋白酶体降解信号。K63泛素化链修饰并非大家所熟知的蛋白降解信号，但却能被自噬货物受体p62识别并介导蛋白降解，进而调控底物功能，影响生理与疾病进程。相同的细胞在不同的外部因素作用时，自噬的作用可能不同。江西细胞自噬溶酶体明丹酚酸B能抑制饥饿心肌细胞自噬，从而发挥保护作用。
根据细胞物质运到溶酶体内的途径不同，自噬分为以下几种。①大自噬：由内质网、高尔基体或细胞质膜等来源的膜包绕待降解物形成自噬体，然后与溶酶体融合并降解其内容物；②小自噬：溶酶体的膜直接包裹长寿命蛋白等，并在溶酶体内降解；③分子伴侣介导的自噬（chaperonemediatedautophagy,CMA）：胞质内蛋白结合到分子伴侣后被转运到溶酶体腔中，然后被溶酶体酶消化。CMA的底物是可溶的蛋白质分子，在清理蛋白质时有选择性，而前两者无明显的选择性。
Beclin 1敲低的神经元细胞中, Aβ、全长APP以及APP的C端片段均大量堆积, 并伴随自噬小体转化能力降低。Aβ除了作为自噬的底物以外, 本身可诱导自噬活化, 并抑制mTOR活性。因此, 正常生理条件下细胞内Aβ活化自噬促进自身降解, 形成一个负反馈平衡调节机制。然而病理条件下细胞内大量堆积的Aβ将破坏溶酶体系统, 使溶酶体通透性增加, 并影响自噬小体成熟。事实上, 还有实验证据表明自噬参与了Aβ的产生。免疫染色和亚细胞组分分析表明, Aβ肽、β-CTF (C-terminal fragment of APP) 以及γ-分泌酶都大量存在于自噬小体中, γ-分泌酶能在自噬体中将β-CTF加工为Aβ肽, 尤其是毒性更强的Aβ42。在自噬过程中，通过压力诱导自噬后，细胞质物质被自噬体的双膜结构隔离。
在荧光显微镜下采用GFP-LC3等融合蛋白来示踪自噬形成（常用）：GFP-LC3单荧光指示体系。由于电镜耗时长，不利于监测（Monitoring）自噬形成。我们利用LC3在自噬形成过程中发生聚集的现象开发出了GFP-LC3指示技术：无自噬时，GFP-LC3融合蛋白弥散在胞浆中；自噬形成时，GFP-LC3融合蛋白转位至自噬体膜，在荧光显微镜下形成多个明亮的绿色荧光斑点，一个斑点相当于一个自噬体，可以通过计数来评价自噬活性的高低。研载生物已开发出高效的评价用GFP-LC3病毒载体，通过瞬时高效传染细胞，配合活细胞工作站成功评价自噬流。锦灯笼的有效成分酸浆苦素A可上调Beclin-1、LC3蛋白表达诱导黑色素中流细胞A375-S2自噬。杭州单荧光自噬慢病毒包装
APP是Aβ的前体蛋白, 形态学和功能研究均已证实APP是自噬性降解的底物。河南western blot检测自噬
药物分子的自噬促进作用可以是其调整某种疾病的功效所在，例如雷帕霉素在调整克罗恩病等场合进入临床应用，其功能可能有一部分是通过促进自噬来实现的。但另一方面，由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。例如，依维莫司和索拉菲尼作为新型抗病药，其化疗效果主要是通过阻止mTOR来阻止病变细胞过于活跃的代谢，但阻止mTOR导致的自噬上调会抵消一部分该药物的杀伤力。又例如，表皮生长因子受体（EGFR）阻止剂，如厄洛替尼（Erotinib），是一类新型靶向抗病药物，但阻止EGFR也可诱导自噬上调，从而导致病变出现耐药。针对这一问题，已有临床试验将依维莫司/索拉菲尼/厄洛替尼与自噬阻止剂联用，以达到较大化药效的目的。河南western blot检测自噬
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