与肽图谱相比，根据Genovis科学家的经验，尤其是对于像抗体这样的分子，许多人在常规实验中做了太多的肽图谱，而中级水平（Middle-level）的方法可以很好地工作。中级方法（IdeS酶切抗体）需要更少的实际操作步骤和较少的示例处理，所有这些都意味着过程中出错的事情更少。我们的许多酶可以作为平台方法，同样的方法适用于绝大多数的抗体，这不是肽图的情况下，可能需要优化整个样品制备，LC分离，质谱设置和数据分析的每个不同的抗体分析。这些变化可能是很小的，但没有一种适用于所有肽图的方法。由于分析和数据分析的简单性，中级方法非常适合自动化和高通量的工作流程。肽图当然可以自动用于样品制备，但高通量肽图生成大量数据，仍然需要彻底分析。事实上，肽图谱是一个多步骤的过程，每一个步骤都可能破坏方法，并可能导致破坏蛋白质的人工制品，很难交叉训练给非专业人员。中级水平的方法很容易交叉训练，我们的方法在质量控制实验室中被成功地使用。肽图谱是一种用于修饰分析和氨基酸确认的方法，但一旦完成了这一工作，我相信使用中级分析可以成功地更有效地完成抗体样本的大部分工作。IgASAP Sub1+2 可消化分泌物和血清 IgA。江苏FabRICATOR ZIdeS蛋白酶
对于携带突变铰链的 Fc 融合蛋白或抗体来说，Fab 和 Fc 片段的生成可能具有挑战性。Genovis的GingisKHAN酶在铰链上方一个可触及的赖氨酸位点消化人IgG1，在足够温和的还原条件下保留链内和链间二硫键，从而产生完整的Fab和Fc片段。对于融合蛋白，消化通常在铰链上方获得，但融合伴侣的结构和氨基酸序列可能导致其他暴露的消化位点。如果去除保守的 Fc N-聚糖，Fc 中的第二个切割位点也可能被GingisKHAN酶切。将精选的单克隆人 IgG1 抗体和 Fc 融合蛋白与 GingisKHAN 在 37°C 下孵育 1 小时，并通过 HPLC 进行分析。湖南GingisKHANIdeS蛋白酶蛋白组学Genovis的FabRICATOR（IdeS） MagIC 以较少的用户交互减少实验和操作时间。
与IdeS不同，Genovis的GingisREX（RgpB）是一种精氨酸特异性蛋白酶，可消化精氨酸残基的C末端蛋白质，包括难以与其他酶消化的Arg-Pro键。该酶可用于肽图分析、从头肽测序和翻译后修饰分析。精氨酸残基的特异性C-末端消化；在其他困难的精氨酸-脯氨酸序列中可靠消化；产生更长的肽-提高序列覆盖率。GingisREX是一种半胱氨酸蛋白酶，可特异性地消化肽键C末端到精氨酸残基，包括与脯氨酸相连的精氨酸。半胱氨酸是酶活性所必需的。与胰蛋白酶消化相比，可生成更长的肽，胰蛋白酶消化可以通过高分辨率质谱进行分离和鉴定。这为自下而上方法的样品制备提供了更多选择，以实现替代的酶解曲线和更高的序列覆盖率。GingisREX在赖氨酸上没有活性，通常使用Arg-C观察到。该酶在5.0-9.0的宽pH值范围内具有活性，它需要半胱氨酸并被盐酸胍抑制。该酶是从牙龈卟啉单胞菌中纯化的。
一些应用（如结合研究）具有高度灵敏度，因此在制备中需要不含残留酶的纯抗体片段。因此，Genovis的 IgG 特异性蛋白酶也以固定化酶提供，可快速轻松地生成均质 F（ab'）2 和 Fc/2 片段。FabRICATOR Immobilized 含有固定化的 FabRICATOR （IdeS），用于制备来自多种 IgG 的 F（ab'）2 和 Fc 片段（对于兔 IgG，请咨询），而小鼠 IgG2a 和 IgG3 可以使用含有 FabRICATOR Z Immobilized 的 FabRICATOR Z Fab2 试剂盒进行处理 。 为了生成和纯化完整的 F（ab'）2 和 Fc/2 片段，使用 FabRICATOR Fab2 试剂盒处理曲妥珠单抗，并通过 SDS-page 进行分析。首先，在室温下在FabRICATOR固定化离心柱上消化抗体15分钟，然后进行短离心步骤。在 CaptureSelect ™ 离心柱上纯化 F（ab'）2 片段，并通过降低 pH 值，然后立即调整回中性 pH 值，一步洗脱结合的 Fc 片段。使用 FabRICATOR Fab2 试剂盒从酶切到收集片段的过程大约需要 1 小时有效消化，适用于灵敏的体内或基于细胞的检测。
Genovis的半胱氨酸蛋白酶 FabALACTICA （IgdE）与IdeS酶一样是特异性蛋白酶。在二维核磁共振波谱 （2D-NMR） 之后，可以通过 HOS 分析在精确的原子水平上评估 mAb 的关键质量属性。从Genovis的FabALACTICA Immobilized获得均相Fab和Fc片段的工作流程，是评估嵌合单克隆抗体英夫利昔单抗中HOS的理想选择，在海报“FabALACTICA产生纯和均相的mAb亚基，促进2D-NMR波谱分析”中进行了描述。来自生成的 Fab 和 Fc 片段的高质量信号和光谱分辨率导致能够观察 Fab 和 Fc 之间的结构变化、氧化和非氧化样品之间的差异，并通过观察原子分辨率来比较原研剂和生物仿制药的 HOS。该酶在pH 值范围为 5.0 至 9.0 时显示出活性。广东FabULOUSIdeS蛋白酶抗体酶切
三个柔性 GS 连接子均被切开，这有助于识别Fc区域的修饰。江苏FabRICATOR ZIdeS蛋白酶
Genovis的FabRICATOR是一种半胱氨酸蛋白酶，它对许多不同的物种和IgG亚类都有活性，包括人IgG亚类1-4以及猴子、兔子、大鼠和绵羊IgG的一些亚类。FabRICATOR在铰链下方的单个位点进行消化，生成F(ab’)2和Fc/2子基，可以进一步还原生成Fd’，轻链和F/2子基是必需的。FabRICATOR（IdeS）通过蛋白-蛋白相互作用与目标抗体工作，这说明了它的高特异性。事实上，它在单个位点消化意味着使用FabRICATOR时没有过度消化的风险，其高特异性也意味着相同的消化方案可以作为平台方法应用于许多不同的抗体。FabRICATOR（IdeS）不需要还原条件来获得良好活性，也不需要任何额外的辅助因子，它将在不同生理缓冲中发挥作用。这意味着按照下面的铰链消解，您将生成F(ab’)2和Fc/2片段用于分析或其他应用。江苏FabRICATOR ZIdeS蛋白酶
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