南京二代测序单细胞测序数据分析可视化

单细胞测序结果动辄上百G数据量，庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求，首先针对下机数据的质控环节：单细胞测序产生数亿的结果序列，不可避免的会出现低质量的测序结果，存在各种情况的序列污染。因此序列过滤及质量评估就会变得极为重要。序列质量主要通过测序质量值Q20/Q30的占比来表征，即碱基测序结果的错误率在1%/0.1%以下的比例。理想的测序结果reads的碱基质量均高于30。保证数据获得后的处理结果的准确性，为后续细胞类型鉴定和功能分析打下坚实基础。烈冰专研单细胞多组学测序领域。南京二代测序单细胞测序数据分析可视化

单细胞转录组测序是在单细胞水平上高通量测序分析基因表达谱的技术，突破传统高通量测序的局限性，组织解离后，单个样本一次上机能捕获500-20000个细胞，基于每个细胞分别建库测序，获得单个细胞的基因结构和基因表达状态，并鉴定细胞的类型，可以在不同样本间从细胞类型的组成和丰度角度进行比较，反映细胞间的异质性。而2021年横空出世的10XGenomicsChromiumX平台实现了单块chip上的百万级别通量的细胞捕获，系统实现16个通道同时运行，每个通道可捕获2000-20000个细胞（不混样），并支持原ChromiumController体统外的多种细胞捕获百万级别通量实验，可准确鉴别稀有细胞类型和适配大规模单细胞研究。沈阳烈冰生物单细胞测序烈冰单细胞多组学测序助您探究细胞类型特异性和基因调控网络特征。

多样本数据合并：FractionofReadsKept：合并样本时，各样本根据MappedBarcodedReadsperCell数量计算出来的数据利用率。如果各样本间该参数值相差很大，需要进行Downsample处理，以数据量少的样本为基准将不同样本中细胞测序深度标化到同一水平，从而避免因测序深度差异导致的基因检测数量、基因表达水平的差异。烈冰科技自主研发的单细胞云平台致力于帮助每一位客户定制化分析数据，深度解读数据分析结果，深入挖掘其背后的生物学意义；从操作便捷、结果可视化、分析可追溯、系统稳定等方面助力单细胞研究，加速科研进程！

细胞计数和活力评估在评估样本质量时，需要在细胞清洗和过滤之后测定细胞活力，这一点至关重要。测定细胞活力有许多种方法，烈冰多年单细胞测序经验发现台盼蓝法在鉴定活细胞与死细胞的比例时效果很好。细胞计数的准确性以及目标回收量和实际回收量之间的一致性，取决于我们了解样本中有多少个细胞。一旦过滤和清洗完成，可采用细胞计数设备（如血球计数器或自动细胞计数仪）进行定量。这些设备不但能提供准确的细胞计数，还能计算出向微流体芯片上样适量细胞所需的细胞悬液体积。深度的单细胞测序数据解读助力医疗健康大时代。

10XGenomics是一种基于drop的微流控技术，液体在配套芯片中的微管道中流动，因此细胞直径会受到芯片中微管道直径的限制，微流体通道的直径约为50~60um，因此捕获细胞的直径不能超过40um。当细胞直径过大时，容易出现管道堵塞，造成GEM生成失败，对于神经科学研究和心血管疾病研究的老师而言，准备采用单细胞技术用于课题研究的时候，往往会遇到一个尴尬的问题，就是目标细胞，例如神经元细胞、成熟心肌细胞由于体积过大，不适用于10X单细胞技术。其中神经元细胞的直径很大，直接超过了芯片中管道的直径，虽然心肌细胞直径低于50um，但是成熟心肌细胞的长度很长，有可能堵塞通道造成实验失败，这也是为什么现在很多已发表的心脏单细胞文章，主要研究方向是心脏发育的原因了，主要还是因为未发育成熟的心肌细胞比较小，不会出现堵塞管道的风险。因此可以考虑组织解离后过40um滤网，过滤掉大细胞，避免出现管道堵塞、实验失败的风险。此种方案的缺点是大细胞被过滤掉，丢失相关细胞数据；另外组织解离获得高质量细胞悬液以后，继续做细胞裂解抽细胞核，开展细胞核测序。具体可访问烈冰官网给我们留言，烈小冰将安排专业技术为您详细解答。助力探索生命时空多维度的动态变化的生物学信息；助力医疗健康时代！吉林10X Genomics单细胞测序数据分析

烈冰测序服务已助力300余篇国际期刊研究文章发表。南京二代测序单细胞测序数据分析可视化

基因和基因产物并不是单独运作的，而是参与了相互关联的复杂通路、网络和分子系统，这些合在一起实现了细胞、组织和生物体的运作。定义这些系统并确定它们的特征和相互作用，对于了解生物系统如何运作至关重要。”为了推动科学发现，科学家们需要各种能够帮助多方位了解其样本的潜在生物复杂性的研究工具。对于越来越多的研究人员来说，单细胞RNA测序和单细胞多组学——即在单细胞分辨率下对基因表达及其他基于DNA、RNA或蛋白质的分析物进行定量分析的基因组方法——在帮助解决他们面临的生物学问题上已证实是行之有效的。南京二代测序单细胞测序数据分析可视化

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