在转录组学领域,空间转录组也开辟了新世界。Nature Methods在今年1月份将空间转录组学评价为2020年度方法,空间转录组方法近几年越来越受到欢迎,它将带领组学在生物学的研究上进入新的阶段。从转录组测序到实现单细胞转录测序,这一过程为精确认识不同细胞类型提供了巨大的帮助。现在,新的空间转录组方法不仅带来转录组信息,同时还提供空间信息,帮研究者更好辨别转录的位置,进一步扩展到单细胞分辨率,这会更大程度提升科学家对单个细胞的认识和解读。从样本处理到终端数据分析,只要您需要,烈冰提供全流程的无忧服务。无锡上海烈冰生物空间转录组技术支持
高通量测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验,已助力Nature,immunity等在内的300+篇CNS文章发表。西安scRNA空间转录组数据分析可视化基因测序相关产品和技术已由实验室研究逐渐演变到临床应用,是下一个改变世界的技术。
空间转录组测序的数据质量和玻片有效区域的利用率、贴片的质量和透化时间息息相关。贴片质量不良会影响总的有效spot数等;而透化不合理会导致spot的reads数、基因中位数等参数。而在特异性基因表达方面,我们也可以统计空间转录组群体的特异性基因表达即Markergene,将他们在组织切片以及空转上进行着色。我们也可以对于任意一个已知的基因或者数据库中的一些细胞Marker,然后将其在基因表达在空间转录组的切片以及HE染色上展示自己的基因表达进而了解,群体中的可能的细胞组成关系。
烈冰提供空间转录组全流程服务,包括样本包埋、贴片、选片、HE染色、拍照成像、组织透化、建库测序以及后续的FISH验证等各个步骤,为您提供无忧服务。烈冰搭建了以莱卡CM1950冷冻切片机、尼康多荧光通路全自动扫描显微镜、3Dhistech-midi数字扫描仪为基础的先进实验平台,并制定严格规范的实验室SOP,经过大量的切片、贴片实操演练,对不同类型组织的切片厚度、温度进行优化,确保获得更好质量的冷冻切片。利用NovelBrain云分析平台,搭建0代码需求的空间转录组分析流程,准确快速解析空间转录组数据。取同一样本组织的相邻区域进行单细胞转录组测序,通过单细胞转录组数据和空间转录组数据的整合分析,判定空间区域内的细胞类别,精确解析组织空间内的异质化信息。烈冰开展了空间转录组、单细胞多组学以及空间转录组等多种产品在内的全套科研解决方案。
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的科学突破。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息,而单细胞空间转录组技术在进行单细胞转录组测序的同时保留并记录了细胞的空间位置信息。空间转录组技术能够揭示细胞间的相互作用以及细胞所处的微环境,将成为发育生物学、神经生物学、免疫生物学等领域的研究利器。烈冰专精空间转录组测序领域。青岛BD Rhapsody空间转录组技术支持
自主研发PanoCell单细胞实验测序平台。无锡上海烈冰生物空间转录组技术支持
相比于常规的测序手段,空间转录组测序有几个明显的优势:1.将转录组信息与空间信息对应,体现组织内部的异质性:每个区域独特的条形码使测序结果与空间位置形成一一对应关系。虽然暂时还无法精细到单细胞层面,但是这样的区域划分也已经足以展现出组织内部不同区域间的转录组差异。2.不影响对全组织进行分析:芯片上捕获的全转录组在同一个反应中完成测序,能有效降低多次重复实验中的误差。测序结果如果不按照条形码归类,则直接体现的是切片全组织的转录组情况,无需再做单独检测。3.为进一步的研究提供指导意见:常规的转录组测序,对后续实验的指导仍然停留在全组织层面。而空间转录组测序则可以标识出更有价值的研究区域,引导研究者将组织进一步细分。无锡上海烈冰生物空间转录组技术支持
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