生物肥料(微生物肥料)的功效是一种综合作用，主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病(虫)有关。总体来说，生物肥料(微生物肥料)的作用为以下几点:1、增进土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源;解磷、解钾微生物肥料，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物，改善作物的营养条件。2、制造和协助农作物吸收营养根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空气中的氮素。微生物在繁殖中能产生大量的植物生长，刺激和调节作物生长，使植株生长健壮，促进对营养元素的吸收。生物肥料富含微生物，能有效改善土壤结构，促进作物生长。天水根瘤菌生物肥料
微生物肥料的作用：增强植物抗病(虫)和抗逆性某些微生物肥料中的微生物能产牛抗乍素类物质．对病原微生物能产生直接的拮抗作用。抑制它们的生长繁殖。细黄放线菌能分泌产生“5406”防病害，对棉花黄萎病、枯萎病等有一定防治效果。此外，有益微生物在作物根部定殖之后，大量生长、繁殖的结果形成了作物根际的优势菌群，通过对养分资源和生存空间的占用，对致病微生物产生竞争优势，从而抑制这些有害微生物的生长和繁殖，间接地增强了植物的抗病能力。酒泉青储乳酸菌生物肥料生物肥料中的有益微生物能与作物根系形成共生关系，促进作物健康生长。
使用微生物肥料减少了环境污染当前，施肥所导致的环境污染问题已越来越受到人们的广关注。据有关资料，在我国主要湖泊的富营养化中，来自农业非点源污染的影响甚至超过了工业污染。化肥施入土壤后，除被作物吸收利用的部分外，还有相当部分通过渗漏、挥发及硝化与反硝化等途径损失，因此将不可避免地导致对大气、水体及土壤等环境的污染，在能量和经济上也是一种浪费。而施用生物肥料如固氮类生物肥料，不仅可适当减少化学肥料的施用量(如前述施用肥力高可减少10~30%的化学氮肥)，而且因其所固定的氮素直接贮存在生物体内，相对而言，对环境污染的机会也就小得多。
狭义地生物肥料，是通过微生物生命活动，使农作物得到特定的肥料效应的制品，也被称之为接种剂或菌肥，它本身不含营养元素，不能代替化肥。广义地生物肥料是既含有作物所需的营养元素，又含有微生物的制品，是生物、有机、无机的结合体它可以代替化肥，提供农作物生长发育所需的各类营养元素。生物肥料从其作用上可分为：生物固氮菌(如根瘤菌)；分解土壤有机物菌剂(有机磷细菌肥、综合细菌肥；分解土壤难溶性矿物的菌剂(硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料)；抗病与刺激作物生长的菌剂(抗生菌肥料)。生物肥料的使用有助于保护农业生态环境，促进农业可持续发展。
注意正确使用肥料的方式（1）避免在高温干旱季节施用。高温干旱季节如夏季、秋季等，不利于微生物繁殖和生长。（2）避免与未腐熟的农家肥混合施用。因为未经发酵的农家肥中含有大量微生物，与菌肥混合使用后，微生物会将农家肥中的有机物质转化为氨和二氧化碳气体并释放出来，使菌肥失去活性。因为未腐熟的农家肥中含有大量病菌和虫卵，与微生物菌混合后容易导致作物受到病虫害等危害。（3）避免与化学杀虫剂、杀菌剂混合施用。因为二者混施后会杀死菌肥中的活菌。（4）不要将菌肥施入未腐熟的农家肥中，微生物菌肥中的有益微生物在未腐熟的农家肥中生长繁殖，会抑制微生物菌肥中微生物的生长，因此，如果将微生物菌肥施入未腐熟的农家肥中，就会使其失去作用。四、注意防治病虫害使用微生物菌肥时，如果对症施药，可以很大程度提高农药的利用率。但要注意，在施用时，要保证植株健康生长，要有一个良好的通风条件，以降低农药残留。五、注意增施有机肥使用微生物菌肥时可以使用有机肥作为载体，这样不仅可以改良土壤结构，而且还能使菌的活性得到提高。但是，使用有机肥时也要注意以下几点：1、在施用时尽量避免与碱性肥料、有机肥混施；2、避免施用在种子和根部附近。 通过科学施用生物肥料，可以优化作物生长环境，提高作物产量和品质。乌鲁木齐生物除臭生物肥料有哪些
施用生物肥料可以减少化肥对土壤和水体的污染，保护生态环境。天水根瘤菌生物肥料
微生物菌肥还可以在对应功能的微生物的作用下，可具有固氮、解磷、解钾等作用，将土壤中的营养元素转化为植物可吸收的形式，提高土壤的供肥能力。比如固氮的菌肥，其中就会含有具有固氮能力的微生物。改善土壤结构：微生物菌肥可以改善土壤的物理性质，促进土壤团粒结构的形成，增加土壤的通透性和保水能力，使土壤更加适宜植物生长。增强作物抗逆性：微生物菌肥可以增强作物的抗逆性，如提高作物的抗病、抗虫、抗旱、抗盐碱能力等。微生物菌肥中的微生物可以刺激作物的免疫系统，增强作物的抗病能力，同时还可以通过产生一些抗病物质，如抗“生”素、细胞毒“素”等，减轻作物病害的发生。提高农作物产量和品质：微生物菌肥可以促进植物的生长和发育，增加农作物的产量和品质。微生物菌肥中的微生物可以产生一些植物生长激“素”，如赤霉素、细胞分裂素等，促进植物的生长和发育。微生物菌肥的使用方法微生物菌肥的施肥时间需要在作物的生长季节内进行，一般是在种植前或生长期间施肥。施肥量需要根据不同作物和不同土壤条件来确定。一般而言，微生物菌肥的施肥量应该根据产品说明书的建议进行使用，不要过量或不足。常用使用方法如下：作底肥：在作物种植前。天水根瘤菌生物肥料
