然而传统的针对单一靶点的研究方法已经难以适应一些多基因疾病和病毒等相关药物的研究。而基于细胞水平的高内涵筛选(high content screening, HCS)技术实现了对化合物多靶点多参数的同时检测，从疾病相关基因调控通路和网络水平上研究药物的作用机制、代谢途径和潜在毒性等，也使在细胞水平评价活性化合物的成成为可能。从筛选载体上看，HCS和HTS并没有的区别，它的检测体积并未因检测指标增加而增高，操作步骤同样简单可行、可自动化。故HCS在新药研发中发挥越来越重要的作用。高通量筛选催化剂技术。湖南高通量筛选成本
高通量筛选的实验方法分子水平和细胞水平的实验方法（或称筛选模型）是实现药物高通量筛选的技术基础。由于药物高通量筛选要求同时处理大量样品，实验体系必须微量化，而这些微量化的实验方法应根据新的科研成果来建立。第四军医大学周四元研究认为，药物高通量筛选模型的实验方法，根据其生物学特点，可分为以下几类：受体结合分析法；酶活性测定法；细胞分子测定法；细胞活性测定法；代谢物质测定法；基因产物测定法。这些实验方法，均已用于药物高通量筛选中。充分利用药用资源 由于高通量筛选依赖数量庞大的样品库，实现了药物筛选的规模化，较大限度地利用了药用物质资源，提高了药物发现的几率，同时提高了发现新药的质量。宁夏高通量筛选平台组合化学高通量筛选。
离子通道是目前药物发现的重要靶点。例如在心血管疾病中，离子通道检测可以应用于原发性电障碍(长QT综合症、短QT综合症、Brugada综合症)等方面的药物筛选。以NovelKCNQ2channelactivatorsdiscoveredusingfluorescence-basedandautomatedpatch-clamp-basedhigh-throughputscreeningtechniques一文为例，通过一种改进的高通量筛选技术，筛选新型KCNQ2通道剂。在这篇文献中，作者团队以ZTZ240(KCNQ2通道剂)作为阳性对照，通过铊通量测定法从80000种化合物筛选出了565个比ZTZ240更强活性的化合物。然后使用384孔自动化膜片钳，进一步筛选出了38个KCNQ2通道剂。，使用传统的膜片钳表征剂，得到ZG1732和ZG2083(EC50分别为1.04μM和1.37μM)。
细胞活力的测定常用于药物筛选。一种常见且可靠的活力测定为使用荧光素酶催化底物（荧光素）氧化，在ATP依赖性反应中产光来测量ATP含量。我们也常使用如钌、阿拉马尔蓝和四氮唑类化合物（MTT、MTS、XTT和WST-1）等染料通过测定荧光或颜色的变化来测定细胞活力。此外，细胞活力也可以通过细胞内酶（蛋白酶、LDH）在培养基中的释放或通过将不透膜的荧光染料插入DNA（如碘化丙啶）来评估，也可以使用膜渗透性DNA染料对细胞进行计数。细胞活力测定。高通量筛选技术的应用。
时间分辨荧光共振能量转移（TR-FRET）原理为具有长寿命荧光(通常为100秒的毫秒至毫秒)的镧系配合物用作FRET供体，荧光蛋白或有机荧光团(例如，别藻蓝素或Cy5)用作受体。普通荧光的半衰期为纳秒级，镧系元素的半衰期为毫秒级，有6个数量级的差别。所以在检测时，TR-FRET有一个时间延迟～100微秒，从而使反应体系内普通背景荧光信号消耗掉，因此TR-FRET的背景信号非常低，能够反映样品实际情况。基于细胞水平的筛选的关键特征之一是可以一次筛选多个靶标。基于细胞的筛选常用于以下情况下：1)所需的分子靶标未知，2)靶标无法在生化测定中充分重组，3)所需的表型只存在于细胞环境中，例如从一种细胞类型分化到另一种细胞类型。基于细胞的检测贯穿于药物发现的所有阶段：靶标选择和验证、初步筛选、先导化合物识别、先导化合物优化以及安全和毒理学筛选。介绍一些细胞水平分析的方法：细胞活力、报告基因、第二信使和高内涵成像等。药物高通量筛选系统。湖南高通量筛选成本
细胞水平高通量筛选。湖南高通量筛选成本
正如之前提到，在高通量筛选中Assay的检出方法有很多，用于衡量酶活性多的当属于荧光检出法和吸光度检出法。这两种方法都能非常便捷的与高通量进行匹配。但是这两种检出方法也有不适用的场景，比如吸光度检出法，在终点法测定（endpointassay）时，如果化合物库的吸收低于~410nm，实验的背景吸收会引入假阳性（false-positive）和假阴性（false-negative）结果。虽然假阳性结果可以通过动力学Assay或者验证Assay来解决，但是由于微量定量板有位于340~410nm的强吸收，所以仍旧会导致Z因子降低，直接结果就是较弱活性的苗头化合物将很难被筛选出来。而对于荧光检出法而言，自发荧光化合物库或者具有光敏特性的化合物库同样会遇到假阳性和假阴性结果。在某种程度上，选择合适的检出方法可以减少甚至避免上述问题，比如使用更长波段的光源，对于荧光检出来说，>500nm会是比较好的选择。湖南高通量筛选成本
