基于细胞水平的筛选的关键特征之一是可以一次筛选多个靶标。基于细胞的筛选常用于以下情况下：1)所需的分子靶标未知，2)靶标无法在生化测定中充分重组，3)所需的表型只存在于细胞环境中，例如从一种细胞类型分化到另一种细胞类型。基于细胞的检测贯穿于药物发现的所有阶段：靶标选择和验证、初步筛选、先导化合物识别、先导化合物优化以及安全和毒理学筛选。介绍一些细胞水平分析的方法：细胞活力、报告基因、第二信使和高内涵成像等。高通量筛选的技术优点。黑龙江高通量筛选分析
由于高通量筛选（HTS）具有微量、快速、灵敏和准确等特点，从二十世纪九十年代开始，海外各大药企已经开始积累扩大化合物库和使用HTS技术来支持新药研发。随着用于HTS的操作设备和检测仪器的发展，自动化控制和计算机数据分析软件的开发，HTS的效率和结果的准确性得到了提高。由于HTS使用了数量庞大的样品库，实现了药物筛选的规模化，提高了新药物发现的几率和质量。然而传统的针对单一靶点的研究方法已经难以适应一些多基因疾病和病毒等相关药物的研究。吉林高通量筛选系统高通量筛选药物分析仪。
从先导化合物的结构来看，特殊环系出现频次多的是嘌呤结构，这有可能与激酶和其他一些基于核苷酸的酶在很多疾病中起到的巨大作用有关。其他出现频次比较高的环系包括五元环的四氢噻唑、吡唑、吡咯、咪唑啉和吡咯烷，以及六元环哌啶和哌嗪类骨架。分子柔性增加：大部分的先导化合物都含有一个手性中心，更有6个化合物含有两个手性中心。从苗头化合物到先导化合物，Sp3杂化碳原子个数比例有着地升高，统计上来说从0.197± 0.157 上升到了0.255±0.162。
化合物库的质量包括三个方面：多样性、有效浓度、化合物库大小。化合物库的多样性制约着苗头化合物的新颖性，而化合物的有效浓度则影响着活性化合物的检出概率。因此化合物库的多样性越大，化合物的有效浓度越高意味着苗头化合物检出率更有保证。但是两者之前需要有一个平衡，一个化合物库里单一化合物簇（Cluster）维持在4~12个化合物的时候，多样性和有效浓度都能得到保障。另外，对于化合物库大小而言，理论情况下（基于多样性、有效浓度以及靶点的成药难度基本一致的随机筛选而言），大的化合物库有利于发现更多的苗头化合物。但是基于此次有限的汇总数据来看（有4个化合物库达到了百万级（0.6M~1.8M）），定向化合物库（FocusLibrary）（图七中红色圈部分）由于其自身的特点检出率较好，而大的化合物库并没有带来更高的苗头化合物检出率以及更高质量的苗头化合物高通量筛选的检测技术。
高通量筛选的实验方法分子水平和细胞水平的实验方法（或称筛选模型）是实现药物高通量筛选的技术基础。由于药物高通量筛选要求同时处理大量样品，实验体系必须微量化，而这些微量化的实验方法应根据新的科研成果来建立。第四军医大学周四元研究认为，药物高通量筛选模型的实验方法，根据其生物学特点，可分为以下几类：受体结合分析法；酶活性测定法；细胞分子测定法；细胞活性测定法；代谢物质测定法；基因产物测定法。这些实验方法，均已用于药物高通量筛选中。高通量筛选的具备条件。黑龙江高通量筛选分析
菌种高通量筛选实验。黑龙江高通量筛选分析
一个高通量药物筛选体系包括微量和半微量的药理实验模型、样品库管理系统、自动化的实验操作系统、高灵敏度检测系统以及数据采集和处理系统，这些系统的运行保证了筛选体系能够并行操作搜索大量候选化合物。高通量筛选技术结合了分子生物学、医学、药学、计算科学以及自动化技术等学科的知识和先进技术，成为当今药物开发的主要方式。完整的高通量筛选体系由于高度的整合和自动化，因而又被称作“药物筛选机器人系统。 虚拟药物筛选是药物筛选技术发展的另一个方向，由于实体的药物筛选需要构建大规模的化合物库，提取或培养大量实验必须的靶酶或者靶细胞，并且需要复杂的设备支持，因而进行实体的药物筛选要投入巨额的资金，虚拟药物筛选是将药物筛选的过程在计算机上模拟，对化合物可能的活性作出预测，进而对比较有可能成为药物的化合物进行有针对性的实体体筛选，从而可以极大地减少药物开发成本。黑龙江高通量筛选分析
