m6A研究又有新手段了？赶紧来了解一下吧！栏目：研究动态发布时间：2019-08-14RNA甲基化m6A是如今的研究热点之一,Cell上新发表了一篇介绍不使用m6A抗体的检测mRNAm6A水平的Resource文章......RNA甲基化m6A是如今的研究热点之一，目前主要的研究思路包括差异表达的write，reader和eraser基因分析；m6A抗体检测全转录组甲基化水平；分析m6A甲基化水平变化的靶基因和下游机制研究。而在7月25日的Cell上新发表了一篇介绍不使用m6A抗体的检测mRNAm6A水平的Resource文章，小编时间和大家分享一下。作者开发这一方法的前提是有研究报道了MazF能特异性的识别无修饰的ACA序列并发挥RNA酶活性在ACA之前剪切底物。但ACA序列的个A发生m6A甲基化之后将无法被MazF所识别，如图一所示。图1MazFRNA酶作用示意图根据这一原理，作者将纯化后的mRNA进行MazF酶处理，然后再对打断的RNA进行逆转建库测序。对于无修饰的位点，ACA处被完全剪切，测序reads正好分布于该位点上下游而且比对至该处的上下游reads数是相同的.如图2所示。而甲基化位点的reads会包含上下游的序列。作者开发了MAZTER-MINE软件包专门进行分析（图3）。实验干货 | 分子克隆实验——无缝克隆。云南科研技术服务实验
注意事项1.病毒包装的几个关键点主要包括：细胞因素、载体系统(尽量使用成熟的商业化载体系统)、构建重组的质粒正确与否、质粒抽提纯化情况、包装转染控制(24、48小时的细胞及荧光状态判断)、目的基因对病毒包装影响(基因大小、序列情况、蛋白功能毒性等都会影响到是否能包装成功)。，需要观察包装病毒后的48h培养基颜色是否橙红。3.病毒浓缩：病毒一般在48h和72h各收一次。如果不想浓缩病毒的话，也可以直接将收集的病毒上清作为要的细胞的培养基，但是可能效果会不太好。并且一般收病毒时，培养基的营养已经损耗了很多，那样直接培养细胞会损害细胞，所以建议还是进行浓缩后再。常见问题1.包装病毒时293T细胞状态不好，或者铺得过密，可以选择放弃该次实验。2.目的载体过大，不易。3.避免转染过程以及后续过程出现的污染。北京裸鼠科研技术服务实验室干货分享 | PCR反应污染原因追踪及污染处理方法。
2）固定的目的①保持其原有状态：使细胞内的蛋白质、脂肪、糖、酶等成分转变为不溶性物质，迅速防止、细胞的死后变化，防止自溶与，防止细胞过度收缩或膨胀而失去其原有形态结构，使之尽量保持生前的状态和结构。②以便染色后易于鉴别和观察：不同成分对染料有不同的亲和力，以便染色后易于鉴别和观察。③使块硬化，便于制作薄片（块在脱水、包埋、切片、染色等过程中不易损坏）。（3）固定液固定液种类：一类是单纯固定液，即只有一种试剂；另一类是混合固定液，由两种或两种以上试剂组成。作为较好的固定液，应有下列特性，首先，有强渗透力，能迅速的渗入内部；其次，不使过度收缩或膨胀，并能使内欲观察的成分得以凝固为不溶性物质；能使达到一定的硬度并获得较佳的折光率和对某些染料具有较强的亲和力。固定液通常使用10%的甲醛溶液。特殊要求的，常需要特殊的固定液，取样之前应做好准备。如眼球样本应使用FAS眼球固定液，脂肪应使用脂肪固定液等。此外，在进行骨样本制备的时候，还应注意提前进行脱钙处理，可根据具体情况选择慢脱钙或快脱钙处理。总的来说，样品的采集是实验中至关重要的一环，如果取样环节出现了偏差，往往会导致后续检测结果的偏移。
二甲苯Ⅰ、Ⅱ各15min至透明。（2）放入二甲苯和石蜡等量混合液处理15min，再放入石蜡Ⅰ、Ⅱ透蜡各50~60min。透蜡在恒温箱内进行，箱内温度保持在55~60℃左右。4、包埋（1）用镊子夹取蜡模在酒精灯上稍加热，并倒入少许从温箱中取出的纯石蜡。（2）再将镊子在酒精灯上稍加热，夹取材料将切面朝下放入蜡模中，排列整齐，再放上包埋盒，轻轻倒入熔蜡。5、切片、展片、贴片（1）将包埋好的石蜡块固定在切片机上，调整厚度调节器到所需的切片厚度，一般为4~6μm。（2）切下的组织薄片要放到加热的水中烫平，再贴到载玻片上，放45℃恒温箱中烘干。二、HE染色1、脱蜡、复水（1）保持水浴锅温度为60℃，将切片放入干燥的染色缸内，放入水浴锅中，30min至蜡熔化。（2）石蜡切片经二甲苯Ⅰ、Ⅱ脱蜡各5min，然后放入100%、95%、90%、80%、70%各级酒精溶液中各3~5min，再放入蒸馏水中3min，以便染料可以进入组织。2、染色、脱水（1）切片放入苏木精中染色约10~30min，用流水冲洗约15min，使切片颜色变蓝。（2）将切片放入1%盐酸乙醇液中褪色，几秒后见切片变红、颜色较浅即可，后将切片再放入流水中使其恢复蓝色。（3）切片放入50%、70%、80%乙醇中各3~5min。ELISA试剂盒在国内有许多种叫法，例如：ELISA检测试剂盒、ELISAKit。
3）基因/蛋白质表达定性或定量检测在进行分子检测的过程中，保持核酸和蛋白质的完整性至关重要，因此在取样过程中，应尽量避免核酸及蛋白质的降解。如不注意采样过程，将会导致样本中的核酸及蛋白质的无差别降解，严重影响后续分子检测结果。在条件允许的情况下，样本在离体后应立刻装入冻存管内，并立即放入液氮中进行冷冻。在RNA提取样本的保存过程中，可以选择非冷冻型RNA保存液或Trizol试剂进行RNA酶的。针对蛋白质提取样本的保存，我们同样可以使用商品化的蛋白酶剂进行短期处理。聚合酶链式反应（PolymeraseChnReaction，PCR）及免印迹（Westernblotting，WB），这两种实验手段是分子学检测中不可或缺的一部分，也是发表至关重要的分子检测数据。PCR主要用来对基因在基因组层面或转录层面的变化进行定性或定量检测，而WB则主要用来对某一蛋白质的表达进行定量检测。（4）转录组学、蛋白质组学及代谢组学检测随着检测水平及相关产业的不断发展，各类组学检测的价格降低，实验设计中也常常运用组学检测来提升实验设计的档次。在我们进行转录组学及蛋白质组学的检测过程中，同样是要首先确保目标RNA或蛋白质的片段完整性。细胞增殖与细胞凋亡、细胞周期等是研究的重要表型，是分子生物学和药理学研究解决的问题之一。湖南外包科研技术服务培养
维持细胞内外环境的稳定。细胞质是细胞内的液体，其中包含了各种细胞器和细胞骨架等结构。云南科研技术服务实验
转录组测序结果及TCGA数据库分析）图5RNA-Seq和m6A-seq联合鉴定SOCS2是介导的m6A修饰的下游靶基因PLoSOne2015,在许多不同种类的RNA中，都已观察到N6-腺苷(m6A)的甲基化，但其在microRNAs中还没有被研究。研究者在FTO1C1,FTO2D4和FTO3C3细胞系中，通过敲除m6A甲基转移酶FTO筛选到表达差异的microRNA,说明miRNA受m6A甲基化的调控。进一步通过MeRIP-Seq发现相当一部分的microRNA具有m6A修饰。通过motif分析，他们发现了区分甲基化和非甲基化microRNA的一致序列。该文章所述的表观遗传修饰在基因表达的转录调控的复杂性上增加了一个新的层次。图FTO敲除对甲基化的miRNAs的稳定状态的影响。参考文献Y,DominissiniD,RechaviG,HeC:Geneexpressionregulationmediatedthroughreversiblem(6)(5):'(1):(12):(6):(1):(1):(uridine)(41):(6)(7540):(1):(7481):(4):(6)A-LAIC-seqrevealsthecensusandcomplexityofthem(6)(8):'UTRm(6)(4):(7544):(6)(6):(5):(7667):(2):"">panstyle="color:#f5c81c;">xiainducesthebreastcancerstemcellphenotypebyHIF-dependentandALKBH5-mediatedm(6)(14):"">panstyle="color:#f5c81c;">(40):(6)(3):(1):(1):(4):(11):。云南科研技术服务实验
